Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14148653	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	5735058	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	1071114	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr10	3379884	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	9766095	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	12901836	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr11	23961338	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11253480	A-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr12	23437937	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	2346729	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g05270
SBS	Chr2	10199560	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	11385050	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	21796919	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	21796920	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	35622642	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	1401394	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	14094468	G-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr3	1838424	C-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g04030
SBS	Chr3	20111963	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	27426126	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	27524491	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	11644832	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	15325223	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g26290
SBS	Chr4	19045630	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr4	4979170	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	18217872	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr5	19527194	A-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os05g33310
SBS	Chr5	20369899	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	23033123	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	24854815	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	27873475	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	10852504	G-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	20211010	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	29360819	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	18745419	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	21408732	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g35740
SBS	Chr7	9682502	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	27690350	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr9	15375949	C-T	HOMO	INTERGENIC

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	430513	430528	15	LOC_Os02g01780
Deletion	Chr3	2653037	2653038	1
Deletion	Chr6	2867578	2867589	11	LOC_Os06g06190
Deletion	Chr1	6568349	6568351	2
Deletion	Chr11	11623989	11623993	4
Deletion	Chr11	13863001	13932000	69000	5
Deletion	Chr11	14080338	14788334	707996	107
Deletion	Chr9	15342427	15342428	1
Deletion	Chr12	18414001	18578000	164000	23
Deletion	Chr2	20131160	20131161	1
Deletion	Chr4	29212866	29212867	1
Deletion	Chr6	29374568	29374580	12
Deletion	Chr3	32577821	32577850	29
Deletion	Chr1	42722841	42722842	1

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr2	17930212	17930213	2
Insertion	Chr3	12521450	12521450	1
Insertion	Chr3	25647201	25647202	2
Insertion	Chr5	24126885	24126885	1
Insertion	Chr6	1743378	1743378	1
Insertion	Chr6	7561931	7561931	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	12838241	14115710

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	7731058	Chr5	4615621	LOC_Os08g13014
Translocation	Chr10	9867991	Chr4	31119077	LOC_Os10g19334
Translocation	Chr10	9867993	Chr4	31121082	2

Main menu