Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 55

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17219053	T-C	HET
SBS	Chr1	2077297	G-A	HET
SBS	Chr1	2077299	C-T	HET
SBS	Chr1	21282880	C-T	HET
SBS	Chr1	24242776	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g42620
SBS	Chr1	32564295	G-C	HET
SBS	Chr10	1938031	T-A	HET
SBS	Chr11	16367043	G-T	HET
SBS	Chr11	20159245	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g34410
SBS	Chr11	21457215	C-T	HET
SBS	Chr11	5401911	T-A	HET
SBS	Chr11	9074007	A-G	HET
SBS	Chr12	12594795	G-A	HET
SBS	Chr12	12991841	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g22980
SBS	Chr12	21362824	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g35110
SBS	Chr12	23773355	T-G	HET
SBS	Chr12	4962219	G-A	HET
SBS	Chr12	8708179	A-G	HET
SBS	Chr2	162710	C-T	HET
SBS	Chr2	162712	A-T	HET
SBS	Chr2	26304188	T-G	HET
SBS	Chr2	32148456	G-A	HET
SBS	Chr2	3320695	C-A	HET
SBS	Chr2	9138629	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g16060
SBS	Chr2	9138631	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g16060
SBS	Chr3	15736151	T-C	HET
SBS	Chr3	20439279	C-T	HET
SBS	Chr3	2553157	C-A	Homo
SBS	Chr3	28432715	A-G	HET
SBS	Chr3	7243690	G-A	HET
SBS	Chr4	12234531	C-T	HET
SBS	Chr4	23624265	G-T	Homo
SBS	Chr4	24343687	G-A	HET
SBS	Chr4	7736242	T-C	HET
SBS	Chr5	10442660	C-T	HET
SBS	Chr5	26413627	A-G	HET
SBS	Chr5	3230677	G-T	HET
SBS	Chr6	10904279	T-A	HET
SBS	Chr6	16577796	C-T	HET
SBS	Chr6	24783400	T-A	HET
SBS	Chr6	24930486	T-G	HET
SBS	Chr6	9413580	G-T	HET
SBS	Chr7	17361087	C-T	HET
SBS	Chr7	18250768	T-A	HET
SBS	Chr7	19044128	T-C	Homo
SBS	Chr7	19156138	C-T	Homo
SBS	Chr7	8404042	C-T	HET
SBS	Chr8	21011381	A-G	HET
SBS	Chr9	17096215	C-A	HET
SBS	Chr9	17096216	T-A	HET
SBS	Chr9	18123794	T-A	HET
SBS	Chr9	456334	T-A	HET
SBS	Chr9	456335	C-T	HET
SBS	Chr9	456339	G-A	HET
SBS	Chr9	4786610	A-T	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	827557	827558	1
Deletion	Chr9	3616127	3616133	6
Deletion	Chr7	6109244	6109245	1
Deletion	Chr5	11658428	11658433	5
Deletion	Chr8	12707248	12707253	5
Deletion	Chr2	15487581	15487590	9
Deletion	Chr6	16506201	16506202	1
Deletion	Chr2	20934122	20934125	3
Deletion	Chr11	23941001	24088000	146999	24
Deletion	Chr8	26763001	26858000	94999	9
Deletion	Chr7	27053963	27053965	2

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	3959845	3959846	2
Insertion	Chr2	13709743	13709743	1	LOC_Os02g23820
Insertion	Chr4	10884121	10884122	2
Insertion	Chr4	13731486	13731486	1
Insertion	Chr5	16128616	16128617	2
Insertion	Chr5	25602269	25602269	1
Insertion	Chr8	4190770	4190770	1

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	1791841	1900409	2
Inversion	Chr10	1803508	1900436	2
Inversion	Chr10	1946388	2084387
Inversion	Chr11	9071176	9545492
Inversion	Chr11	9071177	9545491

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2285854	Chr2	14552552
Translocation	Chr10	2331015	Chr2	14552550
Translocation	Chr7	3982474	Chr3	2625292	2
Translocation	Chr5	5657309	Chr3	4142026	2
Translocation	Chr7	15462217	Chr6	31147043
Translocation	Chr11	23445933	Chr3	14592962
Translocation	Chr11	23944522	Chr10	1804179	2

Main menu