Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 50

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12878002	C-A	HET
SBS	Chr1	24441897	T-C	HET
SBS	Chr1	9730707	C-A	HET
SBS	Chr10	6159691	G-A	Homo
SBS	Chr10	6178688	T-C	Homo
SBS	Chr11	12936732	C-T	HET
SBS	Chr11	14715129	C-T	HET
SBS	Chr11	17199177	C-A	HET
SBS	Chr11	18104603	T-A	HET
SBS	Chr11	19344226	C-T	HET
SBS	Chr11	23073562	C-A	HET
SBS	Chr11	7790457	C-A	Homo
SBS	Chr12	12170963	A-T	Homo
SBS	Chr12	12916311	C-A	Homo
SBS	Chr2	12085667	T-C	Homo
SBS	Chr2	12764030	T-C	Homo
SBS	Chr2	22456100	A-G	HET
SBS	Chr2	28011125	T-C	HET
SBS	Chr3	15582434	C-T	HET
SBS	Chr3	15809082	A-G	Homo
SBS	Chr3	17178185	C-G	Homo
SBS	Chr3	20455260	G-A	Homo
SBS	Chr3	25204984	C-T	Homo
SBS	Chr3	33345878	C-T	Homo
SBS	Chr3	5044487	C-A	Homo
SBS	Chr3	9239304	G-C	Homo
SBS	Chr4	15336951	G-A	Homo
SBS	Chr4	21636026	A-G	Homo
SBS	Chr4	31184023	T-C	HET
SBS	Chr4	34711263	C-T	HET
SBS	Chr5	20802278	C-T	HET
SBS	Chr5	21196292	C-T	HET
SBS	Chr5	23766552	C-T	HET
SBS	Chr5	27365168	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g47770
SBS	Chr5	28727077	G-A	Homo
SBS	Chr5	9929712	A-G	HET
SBS	Chr6	11841618	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g20570
SBS	Chr6	16931063	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g29550
SBS	Chr6	5229545	T-A	Homo
SBS	Chr6	6775339	G-A	HET
SBS	Chr7	14176856	C-T	HET
SBS	Chr7	19726404	G-A	HET
SBS	Chr7	23024283	T-A	HET
SBS	Chr8	13258113	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g22026
SBS	Chr8	14070188	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g23310
SBS	Chr8	1433231	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g03130
SBS	Chr8	8997565	C-G	HET
SBS	Chr8	9748925	C-T	HET
SBS	Chr9	12495702	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g20740
SBS	Chr9	15475275	G-A	HET

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	4336335	4336336	1
Deletion	Chr10	6980652	6980656	4
Deletion	Chr2	11331789	11331793	4	LOC_Os02g19400
Deletion	Chr12	12956001	12978000	21999	LOC_Os12g22940
Deletion	Chr9	14367541	14367543	2
Deletion	Chr1	15597323	15597324	1
Deletion	Chr12	16014874	16014875	1	LOC_Os12g27270
Deletion	Chr1	37603693	37603698	5

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	12016376	12016376	1
Insertion	Chr12	22846311	22846312	2
Insertion	Chr2	12409836	12409844	9
Insertion	Chr7	1308316	1308321	6	2
Insertion	Chr7	1308316	1308327	12	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	12879848	13057240	LOC_Os11g22430
Inversion	Chr11	12879880	13057256	LOC_Os11g22430

Translocations: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	1875814	Chr3	21432729	2
Translocation	Chr5	8428043	Chr1	23528730	LOC_Os05g14820
Translocation	Chr8	10060838	Chr3	21929069
Translocation	Chr8	10061017	Chr3	21929093
Translocation	Chr9	12160341	Chr1	27051357	2
Translocation	Chr9	12160362	Chr1	27051626	2
Translocation	Chr10	14572277	Chr4	12073030
Translocation	Chr10	14572283	Chr4	12065404
Translocation	Chr12	15184221	Chr3	34394647	2
Translocation	Chr12	20096547	Chr6	23394909

Main menu