Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 57

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	22892462	G-A	Homo
SBS	Chr1	24521704	T-C	Homo
SBS	Chr1	26916246	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g47110
SBS	Chr1	26931193	C-T	Homo
SBS	Chr1	36452460	T-C	HET
SBS	Chr1	5547274	C-A	HET
SBS	Chr1	5547276	C-T	HET
SBS	Chr10	17487827	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os10g33290
SBS	Chr10	18916786	G-A	HET
SBS	Chr10	20407015	C-A	HET
SBS	Chr10	9582027	G-T	HET
SBS	Chr11	22021445	G-A	HET
SBS	Chr11	9328603	C-A	HET
SBS	Chr12	10176459	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g17780
SBS	Chr12	19574981	A-T	HET
SBS	Chr12	19865987	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g32870
SBS	Chr12	21764826	T-C	HET
SBS	Chr12	26191153	C-T	HET
SBS	Chr12	26728214	C-T	HET
SBS	Chr12	5053394	A-T	HET
SBS	Chr12	5754440	T-A	HET
SBS	Chr2	10812792	C-A	HET
SBS	Chr2	29614320	C-T	HET
SBS	Chr2	3619515	G-T	HET
SBS	Chr2	535446	T-C	HET
SBS	Chr2	7830411	C-T	HET
SBS	Chr2	8966111	C-T	HET
SBS	Chr3	14139890	C-T	HET
SBS	Chr3	17376274	G-T	Homo
SBS	Chr3	25559322	C-T	Homo
SBS	Chr3	29141056	A-T	Homo
SBS	Chr3	5900074	T-C	HET
SBS	Chr4	10741855	G-A	Homo
SBS	Chr4	16800770	G-A	HET
SBS	Chr4	17339276	C-T	Homo
SBS	Chr4	25261197	G-T	HET
SBS	Chr4	31114238	A-G	HET
SBS	Chr5	10229119	T-C	HET
SBS	Chr5	10696791	G-A	HET
SBS	Chr6	16289604	G-A	HET
SBS	Chr6	20065797	C-T	HET
SBS	Chr6	25712691	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g42770
SBS	Chr6	26109660	G-A	Homo
SBS	Chr6	3717452	G-A	Homo
SBS	Chr7	10464319	G-A	Homo
SBS	Chr8	2271016	T-C	Homo
SBS	Chr8	25590629	C-A	HET
SBS	Chr8	9563215	C-T	HET
SBS	Chr9	1351290	G-T	HET
SBS	Chr9	15572200	G-A	Homo
SBS	Chr9	15966376	C-T	Homo
SBS	Chr9	2144189	C-T	HET
SBS	Chr9	2629915	C-T	HET
SBS	Chr9	5747252	C-T	HET
SBS	Chr9	6358052	G-A	HET
SBS	Chr9	9238426	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g15220
SBS	Chr9	9499027	G-A	Homo

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	1193116	1193123	7	LOC_Os08g02840
Deletion	Chr8	2560912	2560913	1	LOC_Os08g04990
Deletion	Chr2	5550083	5550095	12
Deletion	Chr9	5933109	5933110	1
Deletion	Chr5	8236001	8252000	15999	LOC_Os05g14540
Deletion	Chr9	9072001	9084000	11999	LOC_Os09g15040
Deletion	Chr9	9085001	9149000	63999	5
Deletion	Chr9	9693256	9693257	1
Deletion	Chr4	13599912	13599913	1	LOC_Os04g23799
Deletion	Chr7	19826377	19826379	2
Deletion	Chr6	25236555	25236565	10
Deletion	Chr3	25507001	25521000	13999	3
Deletion	Chr5	27675781	27675785	4
Deletion	Chr3	29137034	29137038	4
Deletion	Chr3	29402503	29402505	2	LOC_Os03g51390

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	9515295	9515296	2
Insertion	Chr12	7961499	7961499	1
Insertion	Chr8	20947849	20947850	2
Insertion	Chr8	648057	648062	6

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	22099731	22177457	2
Inversion	Chr6	25054146	26045562	LOC_Os06g41780
Inversion	Chr6	25055310	26045632	LOC_Os06g41780

Translocations: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	1409116	Chr1	23461414	2
Translocation	Chr12	5384427	Chr2	16818173
Translocation	Chr9	8943728	Chr8	18611277	LOC_Os09g14930
Translocation	Chr9	9422492	Chr8	18614904	LOC_Os09g15389
Translocation	Chr11	13760012	Chr6	25055305	2
Translocation	Chr11	13760034	Chr6	25054375	2
Translocation	Chr8	14223161	Chr6	18930399	LOC_Os08g23490
Translocation	Chr7	17002551	Chr2	17757429	LOC_Os07g28980
Translocation	Chr11	25117154	Chr1	8518603
Translocation	Chr11	25117401	Chr1	8518598
Translocation	Chr12	27012465	Chr2	8113872

Main menu