Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 54

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12054737	C-T	HET
SBS	Chr1	17525590	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g32010
SBS	Chr10	16632586	C-T	HET
SBS	Chr10	21216783	G-T	HET
SBS	Chr10	4777637	A-T	Homo
SBS	Chr10	7792386	G-A	Homo
SBS	Chr11	19103246	G-A	Homo
SBS	Chr11	20505411	C-G	HET
SBS	Chr11	20529503	T-A	HET
SBS	Chr11	24880509	G-A	Homo
SBS	Chr11	25614404	A-C	HET
SBS	Chr11	26307697	G-A	Homo
SBS	Chr11	3326246	C-T	HET
SBS	Chr11	513142	C-A	Homo
SBS	Chr11	513143	T-C	Homo
SBS	Chr12	10412938	C-A	HET
SBS	Chr12	13450392	G-A	HET
SBS	Chr12	19599944	C-T	HET
SBS	Chr12	22140110	C-A	Homo
SBS	Chr2	11878304	T-A	HET
SBS	Chr2	12809382	T-C	HET
SBS	Chr2	22137223	C-A	HET
SBS	Chr2	22969988	C-T	HET
SBS	Chr3	14474345	A-G	Homo
SBS	Chr3	29940345	G-A	HET
SBS	Chr3	34372102	A-G	HET
SBS	Chr3	8810450	C-T	Homo
SBS	Chr3	8810451	A-T	Homo
SBS	Chr4	13696780	C-T	Homo
SBS	Chr4	19832690	T-A	Homo
SBS	Chr4	21160364	G-A	Homo
SBS	Chr4	24653230	T-C	HET
SBS	Chr4	30597959	A-G	HET
SBS	Chr4	31724454	G-A	HET
SBS	Chr4	32473538	T-G	HET
SBS	Chr4	32882082	C-T	HET
SBS	Chr4	6903783	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g12480
SBS	Chr5	18966630	A-C	Homo
SBS	Chr6	15172118	C-T	HET
SBS	Chr6	21300878	A-C	Homo
SBS	Chr6	27936476	A-C	HET
SBS	Chr6	29131839	G-A	Homo
SBS	Chr6	4082097	T-A	HET
SBS	Chr7	16763750	G-A	HET
SBS	Chr7	17437651	C-T	HET
SBS	Chr7	6908734	C-T	HET
SBS	Chr7	7442818	G-A	HET
SBS	Chr8	14032491	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g23240
SBS	Chr8	20399727	A-T	HET
SBS	Chr8	8862641	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g14730
SBS	Chr8	9568445	G-A	HET
SBS	Chr9	18328613	C-T	HET
SBS	Chr9	22440984	G-C	Homo
SBS	Chr9	9718462	G-A	HET

Deletions: 23

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1935109	1935111	2
Deletion	Chr12	2667746	2667747	1
Deletion	Chr10	3580218	3580229	11	LOC_Os10g06860
Deletion	Chr7	3983586	3983592	6
Deletion	Chr12	7736021	7736023	2	LOC_Os12g13720
Deletion	Chr4	9892002	9892017	15
Deletion	Chr5	11197571	11197573	2	LOC_Os05g19270
Deletion	Chr6	11768306	11768308	2
Deletion	Chr6	13158753	13158754	1
Deletion	Chr1	13433459	13433460	1
Deletion	Chr10	14585394	14585417	23
Deletion	Chr6	17119126	17119129	3
Deletion	Chr10	18130231	18130233	2
Deletion	Chr11	18315930	18315940	10
Deletion	Chr11	18367484	18367496	12
Deletion	Chr4	18440001	18452000	11999	2
Deletion	Chr6	19913001	19943000	29999	7
Deletion	Chr3	20594189	20594191	2
Deletion	Chr8	23892001	23919000	26999	3
Deletion	Chr1	24443041	24443043	2
Deletion	Chr12	27285482	27285483	1	LOC_Os12g43960
Deletion	Chr1	31303814	31303815	1
Deletion	Chr3	34220001	34242000	21999	4

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	26907191	26907192	2
Insertion	Chr12	12299657	12299659	3
Insertion	Chr12	712897	712898	2
Insertion	Chr4	31229861	31229862	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	3140079	3672114	2

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	8953070	Chr3	4142104	2
Translocation	Chr7	9398940	Chr5	14158334
Translocation	Chr8	10279673	Chr1	2398710
Translocation	Chr6	19659974	Chr2	7526445
Translocation	Chr11	21846360	Chr8	23507490
Translocation	Chr11	28883979	Chr8	10702301

Main menu