Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11831058	C-T	Homo
SBS	Chr1	15366151	A-T	Homo
SBS	Chr1	17122846	G-A	HET
SBS	Chr1	25416183	A-C	HET
SBS	Chr1	26661657	C-T	HET
SBS	Chr1	29857391	G-T	Homo
SBS	Chr1	36577754	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g63120
SBS	Chr10	12410486	G-A	HET
SBS	Chr10	17772487	G-A	HET
SBS	Chr10	4599654	C-A	HET
SBS	Chr11	19390290	G-A	HET
SBS	Chr12	14391662	T-C	HET
SBS	Chr12	14926563	A-G	HET
SBS	Chr12	15943162	T-G	HET
SBS	Chr12	1977768	C-A	HET
SBS	Chr12	20323249	T-A	HET
SBS	Chr12	8722983	T-A	HET
SBS	Chr2	3553841	G-T	HET
SBS	Chr2	35915813	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g58780
SBS	Chr2	945482	T-C	HET
SBS	Chr3	13449142	A-T	Homo
SBS	Chr3	13680782	A-T	HET
SBS	Chr3	7524115	T-C	HET
SBS	Chr4	11994630	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g21270
SBS	Chr4	19825245	A-G	HET
SBS	Chr4	20648675	G-T	Homo
SBS	Chr4	28476343	C-T	HET
SBS	Chr4	3323502	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g06360
SBS	Chr5	22222330	A-T	Homo
SBS	Chr5	28107441	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g49000
SBS	Chr5	4845098	T-A	HET
SBS	Chr6	22101271	T-C	Homo
SBS	Chr6	4108668	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g08410
SBS	Chr6	4108669	A-T	Homo
SBS	Chr7	11456731	T-A	HET
SBS	Chr7	13783748	C-T	HET
SBS	Chr8	10987397	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g17910
SBS	Chr9	15692691	G-A	HET
SBS	Chr9	357770	G-C	HET
SBS	Chr9	8179920	C-G	HET
SBS	Chr9	8443508	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os09g14280

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	86171	86172	1
Deletion	Chr8	404627	404632	5
Deletion	Chr8	790001	811000	20999	3
Deletion	Chr6	3695001	3707000	11999	2
Deletion	Chr6	5356983	5357000	17	LOC_Os06g10420
Deletion	Chr8	7392219	7392220	1
Deletion	Chr8	8314797	8314805	8
Deletion	Chr12	8809682	8809683	1
Deletion	Chr8	10813044	10813045	1
Deletion	Chr10	12409953	12409955	2
Deletion	Chr2	13187989	13187991	2
Deletion	Chr4	13978586	13978593	7	LOC_Os04g24370
Deletion	Chr7	14719601	14719602	1	LOC_Os07g25670
Deletion	Chr7	19003608	19003610	2
Deletion	Chr1	27716548	27716553	5	LOC_Os01g48370
Deletion	Chr3	28253885	28253898	13	LOC_Os03g49610
Deletion	Chr1	37704058	37704108	50

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	5272302	5272303	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr8	792175	864274
Inversion	Chr8	808218	864280
Inversion	Chr11	3255318	3255755
Inversion	Chr9	17940273	17940563

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	10321343	Chr1	16146411	2
Translocation	Chr10	12803689	Chr1	2843728
Translocation	Chr10	12803696	Chr1	2843528
Translocation	Chr12	13338915	Chr2	15415774	2
Translocation	Chr7	22455724	Chr5	7557104

Main menu