Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15793169	T-G	HET
SBS	Chr1	28917711	C-T	HET
SBS	Chr1	29002902	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g50500
SBS	Chr1	34919998	G-C	HET
SBS	Chr1	7385980	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g13250
SBS	Chr1	8467618	T-A	HET
SBS	Chr1	9208525	G-A	HET
SBS	Chr10	10072282	G-A	HET
SBS	Chr10	12580056	G-A	HET
SBS	Chr10	6097976	C-A	HET
SBS	Chr11	14019249	T-A	HET
SBS	Chr11	14019250	C-T	HET
SBS	Chr11	15512548	G-C	HET
SBS	Chr11	19464815	C-T	HET
SBS	Chr12	15215327	A-G	HET
SBS	Chr2	17594269	C-G	Homo
SBS	Chr2	23358219	G-A	Homo
SBS	Chr2	6579241	T-C	HET
SBS	Chr2	9142204	G-A	HET
SBS	Chr2	9142206	T-A	HET
SBS	Chr2	9142208	C-T	HET
SBS	Chr3	17917086	A-G	HET
SBS	Chr3	28501288	G-A	Homo
SBS	Chr3	28589417	G-T	Homo
SBS	Chr3	31574375	T-C	HET
SBS	Chr3	32893619	G-C	Homo
SBS	Chr3	34428874	A-T	HET
SBS	Chr3	8700377	C-T	HET
SBS	Chr4	16184673	A-G	HET
SBS	Chr4	16358782	G-A	Homo
SBS	Chr4	4716685	T-G	HET
SBS	Chr4	8353230	C-G	Homo
SBS	Chr5	19232756	T-C	Homo
SBS	Chr5	2264998	G-A	HET
SBS	Chr5	55002	G-A	HET
SBS	Chr6	790329	A-C	HET
SBS	Chr6	9126228	A-T	HET
SBS	Chr7	6469438	C-A	HET
SBS	Chr7	8817664	C-T	HET
SBS	Chr8	16124455	G-A	HET
SBS	Chr8	19300285	A-G	Homo

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	2682733	2682734	1
Deletion	Chr6	3973799	3973826	27
Deletion	Chr9	4672740	4672742	2
Deletion	Chr9	5194633	5194640	7
Deletion	Chr5	6140915	6140924	9
Deletion	Chr12	6657841	6657845	4
Deletion	Chr7	9470577	9470580	3
Deletion	Chr1	12335651	12335653	2
Deletion	Chr8	13578759	13578760	1
Deletion	Chr11	13966227	13966228	1
Deletion	Chr1	18608950	18608951	1
Deletion	Chr2	23524642	23524662	20
Deletion	Chr8	23793236	23793237	1
Deletion	Chr12	24147001	24157000	9999	3
Deletion	Chr2	30189339	30189340	1	LOC_Os02g49400

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	20515110	20515110	1
Insertion	Chr11	16685571	16685640	70
Insertion	Chr2	23462455	23462455	1
Insertion	Chr4	16813497	16813567	71
Insertion	Chr5	26651070	26651071	2
Insertion	Chr5	324779	324780	2
Insertion	Chr6	9639783	9639826	44

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	1746766	1976057	2
Inversion	Chr5	1746768	1976062	2
Inversion	Chr9	16366140	16366421
Inversion	Chr1	33824297	34295069	2
Inversion	Chr1	33824316	34295086	2

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	6257311	Chr1	8624322
Translocation	Chr10	6257423	Chr3	23395365
Translocation	Chr2	10276214	Chr1	19935965	LOC_Os02g17780
Translocation	Chr12	15876581	Chr2	16818007
Translocation	Chr11	16724725	Chr4	13537377
Translocation	Chr12	22623110	Chr11	22169070	2

Main menu