Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 32

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	22613636	G-A	HET
SBS	Chr1	27549198	C-T	Homo
SBS	Chr1	29701376	G-A	HET
SBS	Chr1	40204231	G-A	HET
SBS	Chr10	3173259	G-A	HET
SBS	Chr12	10111363	C-T	HET
SBS	Chr12	14564221	G-A	HET
SBS	Chr12	23905921	A-G	Homo
SBS	Chr2	19894432	C-T	HET
SBS	Chr2	24700971	C-A	HET
SBS	Chr2	25253205	T-A	HET
SBS	Chr3	27315700	A-C	HET
SBS	Chr3	29969483	C-T	HET
SBS	Chr3	7171183	T-A	Homo
SBS	Chr3	7171192	A-G	Homo
SBS	Chr4	23815908	C-T	HET
SBS	Chr4	5676062	G-C	HET
SBS	Chr5	14426142	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g24910
SBS	Chr5	6534160	C-T	HET
SBS	Chr6	12646177	G-A	HET
SBS	Chr6	1962202	T-G	HET
SBS	Chr6	3467729	T-A	HET
SBS	Chr6	4151076	T-C	HET
SBS	Chr6	6702465	C-T	HET
SBS	Chr7	17546265	T-C	Homo
SBS	Chr7	29410730	C-T	Homo
SBS	Chr8	17337635	T-G	Homo
SBS	Chr8	19654175	G-A	HET
SBS	Chr8	26343416	G-A	Homo
SBS	Chr9	4977240	G-T	HET
SBS	Chr9	4977241	C-T	HET
SBS	Chr9	6833283	T-A	HET

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	86001	152000	65999	9
Deletion	Chr2	2976736	2976743	7
Deletion	Chr3	8859513	8859518	5
Deletion	Chr9	13310611	13310615	4
Deletion	Chr9	14649477	14649487	10
Deletion	Chr9	21124249	21124250	1
Deletion	Chr2	23914616	23914619	3
Deletion	Chr11	24198334	24198340	6
Deletion	Chr6	26894321	26894324	3
Deletion	Chr3	27172001	27256000	83999	13
Deletion	Chr4	29121426	29121442	16
Deletion	Chr7	29227839	29227840	1

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	15750005	15750005	1
Insertion	Chr3	20923386	20923387	2
Insertion	Chr4	23681220	23681220	1
Insertion	Chr4	2408608	2408611	4
Insertion	Chr4	30868495	30868496	2
Insertion	Chr7	21712387	21712401	15
Insertion	Chr9	8162800	8162801	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	13458176	13458851

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	2407611	Chr1	30657813	2
Translocation	Chr3	2411033	Chr1	27290312	2
Translocation	Chr2	4530328	Chr1	10009089	2
Translocation	Chr2	4530337	Chr1	10007403	2
Translocation	Chr8	17116923	Chr3	7246985
Translocation	Chr7	21453177	Chr1	15973636
Translocation	Chr7	24466995	Chr6	28709124	LOC_Os07g40830
Translocation	Chr11	27570521	Chr5	16490150
Translocation	Chr3	31637351	Chr1	27290321	2

Main menu