Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3626-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3626-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 55

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	23997231	G-T	HET
SBS	Chr1	26809866	A-C	HET
SBS	Chr1	27220059	T-A	HET
SBS	Chr1	2831713	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g05940
SBS	Chr1	30427043	G-A	HET
SBS	Chr1	40371333	G-T	HET
SBS	Chr1	40493606	A-G	HET
SBS	Chr10	14086508	A-C	Homo
SBS	Chr11	14597499	A-T	HET
SBS	Chr11	18945820	C-T	HET
SBS	Chr11	21729247	G-T	HET
SBS	Chr11	8198128	A-T	Homo
SBS	Chr12	12338060	G-A	HET
SBS	Chr12	16522270	C-T	HET
SBS	Chr12	2081416	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g04840
SBS	Chr12	20890979	C-A	HET
SBS	Chr12	3897057	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g07750
SBS	Chr12	5260562	T-A	HET
SBS	Chr12	7978960	C-A	HET
SBS	Chr12	8594243	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os12g15060
SBS	Chr2	12372183	T-C	HET
SBS	Chr2	12927066	T-A	HET
SBS	Chr2	15003444	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g25650
SBS	Chr2	20468964	A-T	HET
SBS	Chr2	26421707	A-G	HET
SBS	Chr2	29654727	G-T	Homo
SBS	Chr2	8017696	G-T	HET
SBS	Chr2	8951089	G-A	HET
SBS	Chr3	10020039	A-G	HET
SBS	Chr3	35613889	C-T	Homo
SBS	Chr3	7395705	C-A	HET
SBS	Chr4	12774809	G-A	HET
SBS	Chr4	13696780	C-T	HET
SBS	Chr4	13891326	C-T	HET
SBS	Chr4	18476934	C-T	HET
SBS	Chr4	25114831	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g42430
SBS	Chr4	28082084	C-A	HET
SBS	Chr4	28163666	C-T	HET
SBS	Chr4	4522302	G-A	HET
SBS	Chr5	6328538	C-A	HET
SBS	Chr5	7886208	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g14110
SBS	Chr5	7886210	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g14110
SBS	Chr6	114084	G-A	HET
SBS	Chr6	15257654	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g26070
SBS	Chr6	17335295	A-C	Homo
SBS	Chr6	7916492	T-A	Homo
SBS	Chr7	15112563	G-A	HET
SBS	Chr7	4546561	A-T	HET
SBS	Chr8	19396395	C-A	HET
SBS	Chr8	22579056	A-T	HET
SBS	Chr8	26397992	T-C	HET
SBS	Chr9	12863094	A-G	Homo
SBS	Chr9	13459756	C-T	Homo
SBS	Chr9	1859183	G-A	Homo
SBS	Chr9	18654006	G-A	HET

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	1910419	1910422	3
Deletion	Chr12	2082649	2082650	1
Deletion	Chr4	5023940	5023941	1
Deletion	Chr6	5718500	5718502	2
Deletion	Chr6	6671542	6671543	1
Deletion	Chr1	6798178	6798201	23
Deletion	Chr8	7385864	7385873	9
Deletion	Chr2	7392392	7392394	2
Deletion	Chr1	13925167	13925177	10
Deletion	Chr6	17377638	17377644	6
Deletion	Chr4	19103001	19193000	89999	13
Deletion	Chr6	19657202	19657203	1
Deletion	Chr5	23456526	23456530	4	LOC_Os05g39920
Deletion	Chr11	23773095	23773133	38	LOC_Os11g39880
Deletion	Chr7	28910080	28910087	7
Deletion	Chr2	35042698	35042702	4

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr2	30195149	30195152	4
Insertion	Chr3	20263212	20263220	9
Insertion	Chr5	29945899	29945899	1
Insertion	Chr7	6425782	6425782	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	7625928	7926048	LOC_Os02g13970
Inversion	Chr2	7625933	7926048	LOC_Os02g13970
Inversion	Chr1	33576537	33843301

Translocations: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	2254530	Chr11	22656624
Translocation	Chr2	7625925	Chr1	33843492	LOC_Os02g13970
Translocation	Chr2	7926044	Chr1	33843340
Translocation	Chr6	16151231	Chr2	10939749	2
Translocation	Chr4	19146895	Chr3	17621955	LOC_Os03g30934
Translocation	Chr12	20529122	Chr10	14013700	LOC_Os10g26780
Translocation	Chr12	20534389	Chr10	14013701	2
Translocation	Chr12	20944384	Chr1	33576563
Translocation	Chr12	24160557	Chr3	8413098	LOC_Os12g39250
Translocation	Chr4	25757152	Chr3	11224776	LOC_Os03g19950
Translocation	Chr12	26966677	Chr6	4303675

Main menu

You are here

Search Nipponbare