Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10528311	C-T	HET
SBS	Chr1	28020990	G-T	HET
SBS	Chr1	28124056	G-A	Homo
SBS	Chr1	41288603	A-G	Homo
SBS	Chr10	12638034	A-C	HET
SBS	Chr10	22882040	C-T	HET
SBS	Chr10	6064670	C-T	HET
SBS	Chr11	10883820	A-G	HET
SBS	Chr11	12788717	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os11g22310
SBS	Chr11	17093579	G-A	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os11g29450
SBS	Chr11	2080384	T-G	HET
SBS	Chr11	8399356	G-A	HET
SBS	Chr12	27207326	C-A	HET
SBS	Chr2	15427850	T-C	HET
SBS	Chr2	16207454	A-C	HET
SBS	Chr2	30277452	G-T	Homo
SBS	Chr2	34460281	A-G	HET
SBS	Chr3	19096325	T-C	HET
SBS	Chr3	27054328	T-A	Homo
SBS	Chr3	9901310	A-G	HET
SBS	Chr4	18644759	C-T	HET
SBS	Chr4	20429509	G-C	HET
SBS	Chr4	24144617	C-T	HET
SBS	Chr4	34563303	T-A	HET
SBS	Chr5	11405339	C-A	HET
SBS	Chr5	24305684	A-G	HET
SBS	Chr5	24954541	C-T	HET
SBS	Chr5	29536623	C-T	Homo
SBS	Chr5	29536627	A-T	Homo
SBS	Chr6	10601533	G-C	HET
SBS	Chr6	11819195	G-A	Homo
SBS	Chr6	11819196	C-A	Homo
SBS	Chr6	13039272	G-T	HET
SBS	Chr6	15553460	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g27470
SBS	Chr6	29759457	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g49110
SBS	Chr7	10483236	G-A	Homo
SBS	Chr7	17702485	G-A	Homo
SBS	Chr7	28565149	C-A	HET
SBS	Chr7	6894587	C-T	Homo
SBS	Chr8	13764358	A-G	Homo
SBS	Chr8	13764360	A-G	Homo
SBS	Chr8	13764363	G-T	Homo
SBS	Chr8	16065171	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g26350
SBS	Chr8	16065186	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g26350
SBS	Chr8	16078023	A-T	HET
SBS	Chr8	16078024	G-T	HET
SBS	Chr8	18374537	C-T	HET
SBS	Chr8	8493362	G-C	HET
SBS	Chr9	13139546	A-T	HET
SBS	Chr9	13245193	G-T	Homo
SBS	Chr9	15721322	A-T	HET
SBS	Chr9	7183674	A-G	HET

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	1851944	1851959	15
Deletion	Chr11	1949912	1949919	7
Deletion	Chr8	3125102	3125104	2
Deletion	Chr2	4882557	4882559	2
Deletion	Chr1	7025996	7025998	2
Deletion	Chr1	7971800	7971802	2
Deletion	Chr5	13000492	13000499	7
Deletion	Chr11	14282001	14308000	25999	5
Deletion	Chr8	15948001	16024000	75999	8
Deletion	Chr3	16619913	16619919	6	LOC_Os03g29222
Deletion	Chr4	24717809	24717812	3
Deletion	Chr11	25055441	25056039	598
Deletion	Chr1	29104793	29104794	1
Deletion	Chr3	35602345	35602358	13
Deletion	Chr1	41318998	41319005	7
Deletion	Chr1	41322935	41322940	5

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	27134019	27134020	2
Insertion	Chr1	35770112	35770113	2
Insertion	Chr11	13909369	13909453	85
Insertion	Chr5	4740328	4740389	62	LOC_Os05g08660

No Inversion

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	9870296	Chr1	15637355	LOC_Os10g19338
Translocation	Chr8	10130360	Chr7	18122871
Translocation	Chr6	18908694	Chr2	35862438
Translocation	Chr11	24566770	Chr10	2436151	LOC_Os11g41034

Main menu