Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 57

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	25744368	T-A	HET
SBS	Chr1	31360923	A-C	HET
SBS	Chr1	33096186	C-T	Homo
SBS	Chr1	8556067	C-T	HET
SBS	Chr1	8983405	C-T	Homo
SBS	Chr10	12599214	A-T	HET
SBS	Chr10	264609	C-A	Homo
SBS	Chr10	8072920	C-G	HET
SBS	Chr11	13335746	G-A	Homo
SBS	Chr11	23799614	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g39940
SBS	Chr11	24633671	A-T	Homo
SBS	Chr11	7949981	A-T	Homo
SBS	Chr12	18106995	C-T	HET
SBS	Chr2	10092910	T-C	HET
SBS	Chr2	13512518	C-G	HET
SBS	Chr2	14404497	T-C	Homo
SBS	Chr2	15101898	C-T	HET
SBS	Chr2	3481538	A-T	HET
SBS	Chr2	680894	T-A	HET
SBS	Chr2	76110	T-A	HET
SBS	Chr3	11709926	G-T	HET
SBS	Chr3	13020443	G-A	HET
SBS	Chr3	15707791	A-G	HET
SBS	Chr3	21533985	G-A	HET
SBS	Chr3	29387144	C-T	HET
SBS	Chr3	29532960	T-C	HET
SBS	Chr4	12596986	A-G	HET
SBS	Chr4	16185703	T-A	Homo
SBS	Chr4	17637585	A-G	HET
SBS	Chr4	24453240	C-A	HET
SBS	Chr4	30987141	C-T	Homo
SBS	Chr5	11657116	C-T	HET
SBS	Chr5	12178798	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20750
SBS	Chr5	18832099	A-T	HET
SBS	Chr5	19698050	T-C	Homo
SBS	Chr5	19811077	G-T	Homo
SBS	Chr5	24170637	G-A	Homo
SBS	Chr5	28181181	G-A	HET
SBS	Chr5	3686341	C-T	HET
SBS	Chr5	6716457	C-T	HET
SBS	Chr6	15976767	G-T	HET
SBS	Chr6	25349222	A-T	HET
SBS	Chr6	5022197	G-A	HET
SBS	Chr6	7027638	T-A	HET
SBS	Chr6	8479831	G-A	HET
SBS	Chr7	10488924	G-A	Homo
SBS	Chr7	161684	C-G	HET
SBS	Chr7	17286181	T-A	HET
SBS	Chr8	13070965	G-T	HET
SBS	Chr8	16795827	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g27530
SBS	Chr8	17949713	G-A	HET
SBS	Chr8	4387107	A-C	HET
SBS	Chr8	902455	C-T	HET
SBS	Chr9	16613529	A-G	Homo
SBS	Chr9	2528228	C-T	HET
SBS	Chr9	8680354	G-A	HET
SBS	Chr9	9849821	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g16150

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	1613531	1613535	4
Deletion	Chr6	7836645	7836646	1
Deletion	Chr3	8548900	8548905	5
Deletion	Chr2	9387044	9387046	2
Deletion	Chr10	10975069	10975070	1
Deletion	Chr8	11209419	11210414	995	LOC_Os08g18780
Deletion	Chr12	11225591	11225594	3
Deletion	Chr11	12116006	12116007	1
Deletion	Chr5	19162562	19162564	2	LOC_Os05g32720
Deletion	Chr4	19513057	19513060	3
Deletion	Chr8	20159186	20159187	1
Deletion	Chr2	22215629	22215633	4	LOC_Os02g36830
Deletion	Chr8	24142340	24142362	22
Deletion	Chr8	25618890	25618891	1
Deletion	Chr8	28047640	28047641	1
Deletion	Chr1	35151420	35151425	5	LOC_Os01g60780

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	13429923	13429924	2	LOC_Os02g22500
Insertion	Chr3	34863825	34863853	29
Insertion	Chr4	13731486	13731486	1
Insertion	Chr4	9184835	9184840	6
Insertion	Chr5	25453004	25453004	1
Insertion	Chr6	9599689	9599690	2
Insertion	Chr7	11309599	11309599	1

No Inversion

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr8	6940287	Chr7	9682314
Translocation	Chr8	9498589	Chr3	10131062
Translocation	Chr8	12879484	Chr1	17177135
Translocation	Chr10	16407210	Chr7	10039884
Translocation	Chr8	27702286	Chr2	20809221

Main menu