Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 35

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11945864	C-G	HET
SBS	Chr1	27757142	G-T	HET
SBS	Chr1	27757143	G-T	HET
SBS	Chr1	37808536	C-T	HET
SBS	Chr1	37808537	G-T	HET
SBS	Chr1	38490213	A-G	HET
SBS	Chr1	4798042	G-A	Homo
SBS	Chr11	8110899	C-T	HET
SBS	Chr11	8181103	G-A	HET
SBS	Chr12	10096711	C-T	HET
SBS	Chr2	14558225	G-A	HET
SBS	Chr2	18029261	C-T	HET
SBS	Chr2	9869349	C-T	HET
SBS	Chr3	19059948	T-A	HET
SBS	Chr3	21322761	C-G	HET
SBS	Chr3	27493485	A-G	HET
SBS	Chr4	10210939	T-C	HET
SBS	Chr4	11921142	C-T	HET
SBS	Chr4	27771480	T-C	HET
SBS	Chr4	31932083	T-A	Homo
SBS	Chr5	15940860	C-T	HET
SBS	Chr5	21741859	C-A	HET
SBS	Chr5	6655720	T-C	Homo
SBS	Chr5	8112242	G-T	HET
SBS	Chr6	20346785	G-C	HET
SBS	Chr6	24264855	T-C	HET
SBS	Chr6	25410167	A-G	HET
SBS	Chr6	29023885	G-A	HET
SBS	Chr7	12639716	T-C	HET
SBS	Chr7	19835624	A-T	HET
SBS	Chr8	25057733	C-T	HET
SBS	Chr8	2990748	A-T	HET
SBS	Chr8	8403357	T-C	HET
SBS	Chr9	10888655	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g17800
SBS	Chr9	13269484	G-T	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	4756507	4756516	9
Deletion	Chr8	7049902	7049905	3
Deletion	Chr11	9350348	9350350	2
Deletion	Chr7	14060715	14060718	3
Deletion	Chr12	15010388	15010390	2
Deletion	Chr4	17171001	17286000	114999	18
Deletion	Chr4	17299001	17428000	128999	15
Deletion	Chr2	31853611	31853612	1
Deletion	Chr4	34913513	34913525	12

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	19526477	19526477	1
Insertion	Chr11	19416072	19416072	1
Insertion	Chr11	20601380	20601387	8	LOC_Os11g35140
Insertion	Chr3	18861924	18861924	1
Insertion	Chr3	20536339	20536340	2
Insertion	Chr3	3886411	3886411	1
Insertion	Chr4	22621177	22621339	163
Insertion	Chr6	21771964	21771964	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	18252350	19055860	LOC_Os03g31910
Inversion	Chr3	18252362	19055862	LOC_Os03g31910

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	7057737	Chr4	32664778	LOC_Os11g12560
Translocation	Chr11	7057741	Chr4	32665322	LOC_Os11g12560
Translocation	Chr5	7469547	Chr3	2976199	2
Translocation	Chr7	11777384	Chr2	16654924
Translocation	Chr6	21657632	Chr4	17922800	LOC_Os06g36770
Translocation	Chr11	28762651	Chr4	13811265	LOC_Os11g47620
Translocation	Chr2	29415439	Chr1	14947535	LOC_Os02g48050

Main menu