Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3665-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3665-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 58

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11452057	C-G	HET
SBS	Chr1	15232855	C-T	HET
SBS	Chr1	1725201	C-T	HET
SBS	Chr1	32113545	G-A	HET
SBS	Chr1	34023750	G-T	HET
SBS	Chr1	36172219	G-A	HET
SBS	Chr10	13043972	A-C	HET
SBS	Chr10	14630025	G-T	HET
SBS	Chr10	14630026	A-T	HET
SBS	Chr11	778173	C-T	Homo
SBS	Chr12	14814785	G-A	HET
SBS	Chr2	12505382	A-G	HET
SBS	Chr2	12505385	A-G	HET
SBS	Chr2	24122493	T-A	Homo
SBS	Chr2	30949005	C-T	HET
SBS	Chr2	6521546	G-A	HET
SBS	Chr3	151486	G-C	Homo
SBS	Chr3	15566908	G-T	HET
SBS	Chr3	30215260	T-C	HET
SBS	Chr3	9527691	T-G	Homo
SBS	Chr4	10029379	G-A	HET
SBS	Chr4	1582040	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g03620
SBS	Chr4	18308708	G-C	HET
SBS	Chr4	9770136	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g17820
SBS	Chr5	12122345	C-T	HET
SBS	Chr5	16243938	T-C	HET
SBS	Chr5	2494267	C-A	Homo
SBS	Chr5	29660178	G-A	HET
SBS	Chr5	3640426	A-G	HET
SBS	Chr5	5936897	A-T	HET
SBS	Chr6	1490666	C-T	HET
SBS	Chr6	23493382	G-A	HET
SBS	Chr6	30751176	T-A	HET
SBS	Chr6	3498837	G-A	Homo
SBS	Chr6	6959951	C-T	HET
SBS	Chr7	1097515	C-A	Homo
SBS	Chr7	11598160	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g19570
SBS	Chr7	12647151	G-T	Homo
SBS	Chr7	14363749	C-A	HET
SBS	Chr7	16624013	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g28430
SBS	Chr7	17080268	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g29170
SBS	Chr7	17352227	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g29550
SBS	Chr7	22954333	A-T	HET
SBS	Chr7	2340022	C-T	HET
SBS	Chr7	6903870	C-T	HET
SBS	Chr7	7053374	G-A	HET
SBS	Chr8	18808807	C-T	Homo
SBS	Chr8	18867882	C-A	HET
SBS	Chr8	27626866	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g43710
SBS	Chr8	9191549	C-T	Homo
SBS	Chr9	10042623	G-A	HET
SBS	Chr9	12026143	G-A	HET
SBS	Chr9	16661422	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g27440
SBS	Chr9	3836553	C-A	HET
SBS	Chr9	4076991	G-A	HET
SBS	Chr9	5709653	G-C	HET
SBS	Chr9	8236581	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g13980
SBS	Chr9	943430	A-G	HET

Deletions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	111783	111792	9
Deletion	Chr2	737966	737967	1
Deletion	Chr10	1400718	1400727	9
Deletion	Chr9	4138312	4138315	3
Deletion	Chr10	4711718	4711719	1	LOC_Os10g08680
Deletion	Chr5	5603717	5603718	1	LOC_Os05g10270
Deletion	Chr3	5697765	5697766	1
Deletion	Chr7	10971081	10971083	2
Deletion	Chr8	14294608	14294616	8
Deletion	Chr1	14638360	14638368	8
Deletion	Chr2	15796036	15796037	1
Deletion	Chr12	16906065	16906075	10
Deletion	Chr11	23585548	23585550	2
Deletion	Chr6	23865067	23865069	2
Deletion	Chr2	25552231	25552249	18
Deletion	Chr6	27500872	27500873	1
Deletion	Chr5	28326069	28326072	3
Deletion	Chr6	28389871	28389883	12
Deletion	Chr1	29194954	29194961	7

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	42924393	42924394	2
Insertion	Chr2	938071	938075	5
Insertion	Chr3	14316094	14316095	2
Insertion	Chr3	4898410	4898411	2
Insertion	Chr6	28176123	28176124	2
Insertion	Chr7	22551155	22551156	2
Insertion	Chr8	3347906	3347907	2

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	1476609	1580552
Inversion	Chr11	18490100	19415029	LOC_Os11g31620
Inversion	Chr1	30860554	30992010
Inversion	Chr1	30860563	30992022
Inversion	Chr2	32022921	32028343	LOC_Os02g52300
Inversion	Chr2	32022929	32028366	LOC_Os02g52300

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	1476624	Chr3	32894166
Translocation	Chr4	1585396	Chr3	32907850
Translocation	Chr8	18521799	Chr2	33811552	LOC_Os02g55200
Translocation	Chr9	19197320	Chr6	5268338
Translocation	Chr4	32615074	Chr3	32894433	LOC_Os04g54840
Translocation	Chr4	32628216	Chr3	32894414	LOC_Os04g54850

Main menu

You are here

Search Nipponbare