Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 42

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	2682992	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g05620
SBS	Chr1	30652650	G-T	HET
SBS	Chr1	34611762	C-T	HET
SBS	Chr1	37082122	C-T	HET
SBS	Chr1	41873186	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g72210
SBS	Chr10	3698276	C-T	HET
SBS	Chr10	503114	A-C	HET
SBS	Chr11	16312374	C-T	HET
SBS	Chr11	17298152	G-A	HET
SBS	Chr11	9204038	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g16600
SBS	Chr2	10430473	C-T	HET
SBS	Chr2	17445380	T-C	HET
SBS	Chr2	20482596	T-A	HET
SBS	Chr2	22136724	T-A	HET
SBS	Chr2	26975605	G-A	Homo
SBS	Chr2	27912912	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g45830
SBS	Chr2	4579282	C-T	HET
SBS	Chr2	6214711	A-T	HET
SBS	Chr3	10023533	C-T	HET
SBS	Chr3	11241416	C-T	HET
SBS	Chr3	11256433	A-T	HET
SBS	Chr3	36271764	G-A	HET
SBS	Chr3	5676892	C-T	HET
SBS	Chr4	18627872	G-T	HET
SBS	Chr4	18754843	C-A	HET
SBS	Chr4	21242732	C-T	HET
SBS	Chr4	21626371	T-A	HET
SBS	Chr4	25188162	C-T	HET
SBS	Chr4	29787407	G-A	HET
SBS	Chr5	17657924	C-A	HET
SBS	Chr5	18405585	G-A	HET
SBS	Chr5	21708580	A-G	HET
SBS	Chr5	4060979	C-T	HET
SBS	Chr6	29112019	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g48110
SBS	Chr7	10495664	C-T	HET
SBS	Chr7	1529999	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g03740
SBS	Chr7	28768236	A-G	HET
SBS	Chr8	22118647	G-A	Homo
SBS	Chr8	22151877	T-A	HET
SBS	Chr9	18028171	C-T	HET
SBS	Chr9	1859636	T-A	HET
SBS	Chr9	5498540	C-T	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	1561436	1561442	6	LOC_Os10g03610
Deletion	Chr5	1840743	1840748	5	LOC_Os05g04090
Deletion	Chr7	7126539	7126545	6
Deletion	Chr12	9429815	9429836	21
Deletion	Chr8	10090283	10090291	8
Deletion	Chr4	16332456	16332462	6
Deletion	Chr6	26551921	26551923	2
Deletion	Chr2	33522078	33522079	1
Deletion	Chr2	34705364	34705366	2

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	11108949	11108950	2
Insertion	Chr11	11558331	11558332	2
Insertion	Chr12	9708350	9708351	2
Insertion	Chr5	12775513	12775513	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	3095200	3112920	2
Inversion	Chr10	3112909	3228514	2

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	7765420	Chr1	1946548
Translocation	Chr11	8942972	Chr3	17955938	LOC_Os11g16250
Translocation	Chr11	10775753	Chr1	28240039
Translocation	Chr11	10775756	Chr1	28241036
Translocation	Chr6	26890271	Chr2	21623471

Main menu