Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 29

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10054977	T-G	Homo
SBS	Chr1	16073490	C-T	HET
SBS	Chr1	24705967	A-G	HET
SBS	Chr1	27526304	G-A	HET
SBS	Chr1	39077327	G-A	HET
SBS	Chr1	7615671	T-C	HET
SBS	Chr10	19736140	T-C	HET
SBS	Chr10	20825394	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g39070
SBS	Chr10	4978286	T-C	HET
SBS	Chr10	643067	A-G	HET
SBS	Chr2	30496321	T-C	HET
SBS	Chr2	3730844	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g07260
SBS	Chr3	11628443	A-G	HET
SBS	Chr3	24943668	G-A	HET
SBS	Chr4	12049118	T-C	HET
SBS	Chr4	12049119	G-A	HET
SBS	Chr4	4893674	T-A	HET
SBS	Chr4	5307662	C-T	HET
SBS	Chr5	10328677	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17970
SBS	Chr5	5158033	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g09230
SBS	Chr5	5679418	A-T	HET
SBS	Chr6	17567451	A-T	Homo
SBS	Chr6	21934585	C-T	Homo
SBS	Chr6	23157363	A-G	HET
SBS	Chr6	9448445	G-C	HET
SBS	Chr7	13025375	A-T	HET
SBS	Chr7	4792440	A-T	HET
SBS	Chr7	9037462	T-C	HET
SBS	Chr8	8771848	C-T	Homo

Deletions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	15356001	15372000	15999	2
Deletion	Chr6	16534448	16534455	7
Deletion	Chr6	17113237	17113244	7
Deletion	Chr4	24703683	24703684	1
Deletion	Chr6	26383773	26383775	2
Deletion	Chr7	26819261	26819263	2

No Insertion

No Inversion

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	5740069	Chr1	10486955
Translocation	Chr11	13434998	Chr2	8032395
Translocation	Chr3	23350219	Chr2	25750918
Translocation	Chr11	28172411	Chr7	9845941	LOC_Os11g46890

Main menu