Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3698-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3698-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 83

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11487176	C-A	HET
SBS	Chr1	14564814	G-A	HET
SBS	Chr1	16098903	G-T	HET
SBS	Chr1	22178991	A-G	HET
SBS	Chr1	30088689	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g52370
SBS	Chr1	39155533	T-C	HET
SBS	Chr10	10613576	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g20960
SBS	Chr10	10700491	G-C	HET
SBS	Chr10	12213495	G-A	Homo
SBS	Chr10	13126934	C-T	HET
SBS	Chr10	17127897	T-C	HET
SBS	Chr10	18514361	G-C	HET
SBS	Chr10	20106826	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g37560
SBS	Chr10	4968095	G-A	HET
SBS	Chr10	5941931	C-T	HET
SBS	Chr10	7776957	C-T	HET
SBS	Chr10	9103389	A-G	HET
SBS	Chr11	10731059	T-C	HET
SBS	Chr11	2916724	C-A	HET
SBS	Chr11	3579139	G-A	HET
SBS	Chr12	11250244	A-G	Homo
SBS	Chr12	15316816	A-G	HET
SBS	Chr12	1971869	G-A	HET
SBS	Chr12	9957165	G-A	Homo
SBS	Chr2	10726436	G-C	HET
SBS	Chr2	11724324	G-C	HET
SBS	Chr2	1592011	G-T	HET
SBS	Chr2	20688010	A-G	HET
SBS	Chr2	23473132	C-T	HET
SBS	Chr2	28351533	G-A	HET
SBS	Chr2	29455905	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g48110
SBS	Chr2	34566539	A-T	Homo
SBS	Chr2	34902400	C-A	HET
SBS	Chr3	10826956	A-G	HET
SBS	Chr3	13197277	G-A	Homo
SBS	Chr3	13502297	G-A	Homo
SBS	Chr3	2249430	G-A	HET
SBS	Chr3	32087442	G-T	Homo
SBS	Chr3	34480866	G-T	HET
SBS	Chr3	34841082	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g61390
SBS	Chr4	19680168	G-A	HET
SBS	Chr4	2141411	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g04490
SBS	Chr4	25617009	G-T	HET
SBS	Chr4	30571953	G-A	HET
SBS	Chr4	35228613	G-T	HET
SBS	Chr4	3565654	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g06780
SBS	Chr4	669031	A-G	Homo
SBS	Chr4	6775231	C-T	HET
SBS	Chr4	7238808	G-A	HET
SBS	Chr5	11959324	G-T	HET
SBS	Chr5	15247265	A-G	HET
SBS	Chr5	15577486	G-A	HET
SBS	Chr5	21297578	C-A	HET
SBS	Chr5	21297594	G-A	HET
SBS	Chr5	2164657	G-A	HET
SBS	Chr5	26117671	T-C	HET
SBS	Chr5	6639021	C-A	Homo
SBS	Chr5	7482553	C-T	HET
SBS	Chr5	8841031	T-A	HET
SBS	Chr5	9844278	G-C	HET
SBS	Chr6	12589799	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g21780
SBS	Chr6	1284032	G-C	HET
SBS	Chr6	15384414	G-A	HET
SBS	Chr6	20013936	T-A	HET
SBS	Chr6	2610397	T-G	HET
SBS	Chr6	27690956	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g45750
SBS	Chr6	6978784	A-T	HET
SBS	Chr6	8429245	G-A	HET
SBS	Chr7	17810178	C-T	HET
SBS	Chr7	18209006	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g30774
SBS	Chr7	18209007	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g30774
SBS	Chr7	22533396	C-T	HET
SBS	Chr7	23497	T-C	HET
SBS	Chr7	2627054	C-T	HET
SBS	Chr7	7428531	A-T	HET
SBS	Chr8	15189685	G-T	HET
SBS	Chr9	1409107	G-A	Homo
SBS	Chr9	2746088	T-C	HET
SBS	Chr9	347699	T-C	HET
SBS	Chr9	5892808	G-A	HET
SBS	Chr9	6471574	A-G	HET
SBS	Chr9	6952954	T-C	Homo
SBS	Chr9	9972600	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g16330

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	4250519	4250525	6
Deletion	Chr5	4380150	4380152	2
Deletion	Chr1	11192713	11192714	1
Deletion	Chr12	11297001	11331000	33999	4
Deletion	Chr12	11337001	11388000	50999	3
Deletion	Chr9	11690514	11690517	3
Deletion	Chr9	11736001	11760000	23999	2
Deletion	Chr1	12677725	12677732	7	LOC_Os01g22560
Deletion	Chr4	14609146	14609148	2	LOC_Os04g25280
Deletion	Chr11	15971568	15971589	21
Deletion	Chr7	17549921	17549922	1
Deletion	Chr7	21050375	21050376	1
Deletion	Chr11	22961692	22961694	2
Deletion	Chr1	27563188	27563190	2

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	7168523	7168523	1
Insertion	Chr11	4148265	4148267	3
Insertion	Chr12	21060551	21060552	2
Insertion	Chr2	7458562	7458592	31
Insertion	Chr4	1930310	1930310	1	LOC_Os04g04160
Insertion	Chr6	382773	382774	2
Insertion	Chr6	7859343	7859344	2

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	5889002	5971878	LOC_Os05g10700
Inversion	Chr5	5889011	5971880	LOC_Os05g10700
Inversion	Chr9	9249679	9797563	LOC_Os09g16040
Inversion	Chr9	9797570	9800066	LOC_Os09g16040
Inversion	Chr12	11535492	11689341	LOC_Os12g19790
Inversion	Chr3	30923580	30923999

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	7352952	Chr5	1239355	LOC_Os09g12800
Translocation	Chr12	11295698	Chr8	20823336	LOC_Os08g33390
Translocation	Chr12	11296946	Chr8	20823343	LOC_Os08g33390
Translocation	Chr11	13127486	Chr6	22321739

Main menu

You are here

Search Nipponbare