Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 34

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	7619002	C-A	HET
SBS	Chr10	12407415	C-T	HET
SBS	Chr10	12781794	G-A	HET
SBS	Chr10	14466461	G-T	HET
SBS	Chr10	20102178	G-A	HET
SBS	Chr10	4997098	G-A	HET
SBS	Chr11	11179822	G-A	Homo
SBS	Chr11	11313384	C-G	HET
SBS	Chr11	2662960	G-A	HET
SBS	Chr11	28504613	T-G	Homo
SBS	Chr12	13681247	T-A	Homo
SBS	Chr2	30405571	G-A	HET
SBS	Chr3	17281372	A-G	HET
SBS	Chr3	17283211	C-T	HET
SBS	Chr3	1946196	G-A	HET
SBS	Chr3	2500697	A-G	Homo
SBS	Chr3	8495300	T-G	Homo
SBS	Chr3	8672366	G-A	Homo
SBS	Chr4	11170695	T-C	HET
SBS	Chr4	17175040	G-A	HET
SBS	Chr4	17304870	G-A	HET
SBS	Chr4	17304891	T-A	HET
SBS	Chr4	8641274	C-A	HET
SBS	Chr5	2407021	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g04970
SBS	Chr6	19893950	G-A	HET
SBS	Chr6	21605852	G-A	HET
SBS	Chr6	23692887	A-C	HET
SBS	Chr6	24594888	G-T	HET
SBS	Chr7	18226425	G-A	HET
SBS	Chr7	21419630	G-A	HET
SBS	Chr7	9034937	T-C	HET
SBS	Chr8	27084387	G-A	Homo
SBS	Chr8	3892541	G-A	HET
SBS	Chr8	6384599	T-A	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	11679001	11690000	10999	4
Deletion	Chr7	12229819	12229820	1
Deletion	Chr10	12706898	12706904	6
Deletion	Chr9	13155158	13155166	8
Deletion	Chr11	18589021	18589025	4
Deletion	Chr6	19641001	19641002	1	LOC_Os06g33750
Deletion	Chr8	21542011	21542015	4
Deletion	Chr8	23535927	23535929	2
Deletion	Chr12	25775001	25808000	32999	4
Deletion	Chr1	30011524	30011526	2	LOC_Os01g52170
Deletion	Chr1	40600965	40600966	1

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	12931417	12931418	2
Insertion	Chr11	9715520	9715521	2
Insertion	Chr4	3903077	3903077	1
Insertion	Chr6	5543356	5543358	3
Insertion	Chr9	14315063	14315066	4

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	1365264	1623195	LOC_Os03g03210
Inversion	Chr3	1365282	1625486	2
Inversion	Chr3	13458080	13458662	LOC_Os03g23250
Inversion	Chr1	40145595	40145925

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	2071639	Chr8	22766421	2
Translocation	Chr12	10174302	Chr4	8429378
Translocation	Chr3	15235658	Chr2	2827485	2
Translocation	Chr3	15235943	Chr2	2827478	2
Translocation	Chr11	28168665	Chr5	29598156	LOC_Os05g51620

Main menu