Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17471880	G-T	HET
SBS	Chr1	24657506	C-A	HET
SBS	Chr1	31772147	C-T	HET
SBS	Chr1	8579251	A-G	HET
SBS	Chr10	15498545	C-T	Homo
SBS	Chr11	10715677	A-G	HET
SBS	Chr11	11025354	A-C	Homo
SBS	Chr11	1121115	G-A	Homo
SBS	Chr11	12290704	G-T	Homo
SBS	Chr11	26057909	T-C	HET
SBS	Chr11	669146	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g02320
SBS	Chr12	14478004	C-T	Homo
SBS	Chr12	652536	C-A	HET
SBS	Chr12	7436353	G-T	HET
SBS	Chr2	14682585	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g25230
SBS	Chr2	20987953	G-A	Homo
SBS	Chr2	26164165	T-C	Homo
SBS	Chr2	5507371	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g10480
SBS	Chr3	23164727	G-T	HET
SBS	Chr3	23552634	C-T	HET
SBS	Chr3	29227093	G-A	HET
SBS	Chr3	30909364	T-C	HET
SBS	Chr4	2063944	G-T	HET
SBS	Chr4	30602480	A-G	HET
SBS	Chr5	11273442	C-T	HET
SBS	Chr5	24724013	G-C	Homo
SBS	Chr5	28939939	C-T	HET
SBS	Chr5	4582177	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g08400
SBS	Chr6	10857259	A-G	HET
SBS	Chr6	16937570	C-T	HET
SBS	Chr6	25314837	C-A	HET
SBS	Chr7	11512044	C-T	HET
SBS	Chr7	16271383	G-A	HET
SBS	Chr7	17623080	G-T	HET
SBS	Chr7	18355616	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g30990
SBS	Chr7	2663505	T-A	HET
SBS	Chr7	26760109	A-C	HET
SBS	Chr7	28706966	T-A	Homo
SBS	Chr7	9300138	C-T	Homo
SBS	Chr8	13526564	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g22420
SBS	Chr8	23313878	G-T	Homo
SBS	Chr8	25768831	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g40710
SBS	Chr9	11339492	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os09g18500
SBS	Chr9	11765896	A-T	HET
SBS	Chr9	20008035	C-A	Homo
SBS	Chr9	21953309	T-G	HET
SBS	Chr9	8330241	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g14070

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	955101	955122	21	LOC_Os12g02720
Deletion	Chr2	6739780	6739781	1
Deletion	Chr10	9713150	9713153	3
Deletion	Chr1	10098199	10098202	3
Deletion	Chr5	16633005	16633024	19	LOC_Os05g28390
Deletion	Chr2	16800745	16800747	2
Deletion	Chr9	19854445	19854446	1	LOC_Os09g33620
Deletion	Chr11	20303559	20303561	2
Deletion	Chr12	20935499	20935505	6
Deletion	Chr6	29867892	29867902	10
Deletion	Chr3	35725068	35725069	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	8272216	8272216	1	LOC_Os01g14790
Insertion	Chr11	21099236	21099238	3
Insertion	Chr8	15740446	15740447	2

No Inversion

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2909751	Chr7	29555744
Translocation	Chr10	2915559	Chr7	29557463	LOC_Os07g49350
Translocation	Chr10	9880332	Chr6	4103940	LOC_Os10g19342
Translocation	Chr6	13507630	Chr1	24726876
Translocation	Chr12	27067127	Chr7	4745394

Main menu