Search Nipponbare

Mutant Information

SOS indicates the sequenced line is sterile and seeds from siblings are available.

Variant Information

Single base substitutions: 30

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	7714202	T-C	HET
SBS	Chr10	10020068	A-T	HET
SBS	Chr10	13965266	G-A	HET
SBS	Chr10	16801515	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g31980
SBS	Chr10	4399590	T-A	HET
SBS	Chr11	12724741	T-G	HET
SBS	Chr11	13688441	T-G	HET
SBS	Chr11	20742549	T-C	Homo
SBS	Chr11	9543620	C-T	HET
SBS	Chr12	16574376	A-T	HET
SBS	Chr2	27374058	C-T	HET
SBS	Chr3	33552863	C-G	HET
SBS	Chr3	36102191	T-C	HET
SBS	Chr4	16261456	C-A	HET
SBS	Chr4	27176596	G-A	HET
SBS	Chr4	7156339	C-T	HET
SBS	Chr4	7420778	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g13350
SBS	Chr5	12616715	G-A	HET
SBS	Chr5	14614175	T-C	HET
SBS	Chr5	28876100	C-T	HET
SBS	Chr5	28876101	A-T	HET
SBS	Chr5	3414164	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g06610
SBS	Chr6	14860784	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g25370
SBS	Chr6	17736807	C-G	HET
SBS	Chr7	8196449	A-T	HET
SBS	Chr8	10958077	G-A	Homo
SBS	Chr9	10189003	T-A	HET
SBS	Chr9	1701484	C-T	HET
SBS	Chr9	8476789	G-A	Homo
SBS	Chr9	9990840	C-A	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	4483693	4483696	3	LOC_Os07g08710
Deletion	Chr8	11929141	11929157	16
Deletion	Chr6	14294041	14294042	1
Deletion	Chr2	16646945	16646946	1
Deletion	Chr4	20756980	20756981	1
Deletion	Chr5	23523900	23523902	2
Deletion	Chr7	27076045	27076046	1	LOC_Os07g45400
Deletion	Chr1	27404281	27404301	20
Deletion	Chr3	34120001	34132000	11999	3

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	5762682	5762827	146
Insertion	Chr11	24968160	24968161	2
Insertion	Chr3	32501030	32501031	2
Insertion	Chr7	25591487	25591490	4

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	5905100	6509112	2
Inversion	Chr1	7422209	7722886	LOC_Os01g13300
Inversion	Chr1	7422216	7722888	LOC_Os01g13300
Inversion	Chr7	11908804	12762324	LOC_Os07g20600

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	6248354	Chr8	4190745
Translocation	Chr6	8501847	Chr5	12027485	2
Translocation	Chr8	8711800	Chr3	8414626	LOC_Os03g15380
Translocation	Chr10	12226487	Chr9	20613099
Translocation	Chr10	16821028	Chr1	41587176
Translocation	Chr12	25470686	Chr7	25235188

Main menu