Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 51

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13237725	T-A	HET
SBS	Chr1	13237726	T-A	HET
SBS	Chr1	16375064	C-T	HET
SBS	Chr1	16767209	C-T	HET
SBS	Chr1	17801500	T-G	HET
SBS	Chr1	17833819	G-T	Homo
SBS	Chr1	20335370	C-T	Homo
SBS	Chr1	39903016	A-G	HET
SBS	Chr10	10969504	G-A	HET
SBS	Chr10	11129572	T-C	HET
SBS	Chr10	13376507	A-G	HET
SBS	Chr11	10491332	A-T	Homo
SBS	Chr11	11477660	G-A	Homo
SBS	Chr11	23768054	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g39870
SBS	Chr11	9280386	A-T	Homo
SBS	Chr12	11124013	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g19160
SBS	Chr12	15000199	T-A	HET
SBS	Chr12	22844401	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g37240
SBS	Chr2	22819290	T-A	HET
SBS	Chr2	30903765	G-A	HET
SBS	Chr2	32764606	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g53550
SBS	Chr2	35559600	T-G	HET
SBS	Chr2	35858559	C-T	HET
SBS	Chr2	5619965	G-A	HET
SBS	Chr2	85012	C-T	Homo
SBS	Chr2	9315468	C-T	HET
SBS	Chr3	19104982	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g33430
SBS	Chr3	22551117	G-A	HET
SBS	Chr3	23059462	G-T	HET
SBS	Chr3	23273744	C-T	HET
SBS	Chr3	23409030	A-G	HET
SBS	Chr3	31822113	T-A	HET
SBS	Chr3	36087345	G-A	HET
SBS	Chr3	7583379	C-A	Homo
SBS	Chr4	28511350	A-C	HET
SBS	Chr4	9488160	A-G	HET
SBS	Chr5	10488803	C-T	HET
SBS	Chr5	16747631	A-C	Homo
SBS	Chr5	16747633	A-G	Homo
SBS	Chr5	3405722	G-A	HET
SBS	Chr5	4818196	A-T	HET
SBS	Chr5	9408122	T-G	HET
SBS	Chr6	10458035	A-G	HET
SBS	Chr6	16196322	A-T	Homo
SBS	Chr6	4401149	C-T	Homo
SBS	Chr6	4401150	C-T	Homo
SBS	Chr7	24088106	G-A	Homo
SBS	Chr9	16879348	T-C	HET
SBS	Chr9	17230124	C-T	Homo
SBS	Chr9	5495450	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g10080
SBS	Chr9	7486809	G-C	HET

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	728687	728688	1
Deletion	Chr3	791254	791258	4	LOC_Os03g02290
Deletion	Chr11	1939908	1939909	1
Deletion	Chr7	3386242	3386253	11
Deletion	Chr9	8848409	8848410	1
Deletion	Chr9	9553098	9553108	10
Deletion	Chr9	10136507	10136508	1
Deletion	Chr3	10913274	10913275	1
Deletion	Chr8	11245192	11246187	995	LOC_Os08g18840
Deletion	Chr7	12241232	12241863	631
Deletion	Chr10	13687951	13687952	1	LOC_Os10g26370
Deletion	Chr7	14228715	14228718	3	LOC_Os07g24990
Deletion	Chr7	15457941	15457943	2
Deletion	Chr11	16825732	16825735	3	LOC_Os11g29050
Deletion	Chr2	23845822	23845831	9	LOC_Os02g39510
Deletion	Chr4	28109996	28109998	2	LOC_Os04g47360
Deletion	Chr3	34498436	34498437	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr2	27283855	27283863	9
Insertion	Chr4	27510253	27510253	1
Insertion	Chr9	15428300	15428301	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	19669841	19684281	LOC_Os09g32976

Translocations: 14

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr2	31	Chr1	1116
Translocation	Chr8	1207	Chr2	151
Translocation	Chr4	122476	Chr2	21182843	LOC_Os04g01160
Translocation	Chr11	2499158	Chr8	19698850
Translocation	Chr9	3258599	Chr2	20742908
Translocation	Chr4	3954787	Chr3	1385060	LOC_Os03g03240
Translocation	Chr10	4400271	Chr6	9639811	LOC_Os06g16710
Translocation	Chr12	7904389	Chr4	18473924	LOC_Os12g13920
Translocation	Chr12	7904396	Chr4	18596360	LOC_Os12g13920
Translocation	Chr9	15007536	Chr1	12925742
Translocation	Chr11	16725357	Chr10	7882591	LOC_Os11g28900
Translocation	Chr9	21954634	Chr6	6426492	LOC_Os09g38104
Translocation	Chr4	33522784	Chr2	21183331
Translocation	Chr4	33522819	Chr2	21182843

Main menu