Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14850967	A-G	HET
SBS	Chr1	15253627	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g27330
SBS	Chr10	11521499	C-T	HET
SBS	Chr10	12553367	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os10g24460
SBS	Chr11	11462474	C-T	HET
SBS	Chr11	17520336	T-C	Homo
SBS	Chr11	25306498	C-T	HET
SBS	Chr11	26653208	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g44150
SBS	Chr11	27683590	T-A	HET
SBS	Chr11	4474549	C-A	HET
SBS	Chr12	10847767	C-T	HET
SBS	Chr12	1898014	C-T	Homo
SBS	Chr12	2391088	T-A	Homo
SBS	Chr2	10551858	C-T	HET
SBS	Chr2	20261804	G-A	HET
SBS	Chr2	31811175	C-T	HET
SBS	Chr2	32571835	C-T	HET
SBS	Chr2	6475516	T-G	HET
SBS	Chr2	6475771	G-T	HET
SBS	Chr2	6477315	A-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g12420
SBS	Chr3	10016861	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g17990
SBS	Chr3	19468537	C-T	HET
SBS	Chr3	28216393	C-T	HET
SBS	Chr3	29516528	C-A	HET
SBS	Chr4	10934008	G-A	HET
SBS	Chr4	12623543	A-G	HET
SBS	Chr4	15061731	T-A	HET
SBS	Chr4	2163939	G-T	HET
SBS	Chr4	22681459	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g38110
SBS	Chr4	2890390	C-T	HET
SBS	Chr4	6218474	C-T	HET
SBS	Chr5	14180433	G-T	Homo
SBS	Chr6	1709636	T-C	HET
SBS	Chr6	21266575	G-A	HET
SBS	Chr6	2617627	C-T	HET
SBS	Chr6	27357754	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g45270
SBS	Chr7	10314366	C-T	Homo
SBS	Chr7	466524	C-T	HET
SBS	Chr7	4875765	C-T	HET
SBS	Chr7	8091973	C-T	HET
SBS	Chr7	8752087	A-G	HET
SBS	Chr8	1358311	C-T	HET
SBS	Chr8	20214784	G-A	HET
SBS	Chr8	6524944	T-C	Homo
SBS	Chr9	10913480	T-C	Homo
SBS	Chr9	21025382	C-T	Homo
SBS	Chr9	21855385	A-G	Homo

Deletions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	2115001	2137000	21999	3
Deletion	Chr2	4065306	4065313	7
Deletion	Chr6	4905001	4915000	9999	2
Deletion	Chr9	7846188	7846200	12
Deletion	Chr1	10477602	10477604	2
Deletion	Chr11	10546001	10562000	15999	LOC_Os11g18670
Deletion	Chr10	12475764	12475770	6
Deletion	Chr1	12870884	12870885	1	LOC_Os01g22900
Deletion	Chr6	12983979	12983981	2
Deletion	Chr8	13910001	13972000	61999	7
Deletion	Chr1	16327614	16327621	7
Deletion	Chr8	20530861	20530871	10	LOC_Os08g33050
Deletion	Chr1	23210947	23210949	2	LOC_Os01g40990
Deletion	Chr3	25045492	25045507	15
Deletion	Chr4	26984149	26984156	7
Deletion	Chr1	37892001	37971000	78999	10
Deletion	Chr1	40290190	40290191	1
Deletion	Chr1	40592403	40592404	1
Deletion	Chr1	40617001	40683000	65999	9

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr5	10133374	10133375	2
Insertion	Chr6	1309350	1309351	2
Insertion	Chr7	11884	11885	2
Insertion	Chr7	20126629	20126630	2

Inversions: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	12892528	12892655
Inversion	Chr5	14494984	14495368
Inversion	Chr2	15217180	15217543	LOC_Os02g25930
Inversion	Chr9	15820922	15821104
Inversion	Chr5	17875068	17875280
Inversion	Chr10	18978051	18978384	LOC_Os10g35460
Inversion	Chr4	20356108	20356493
Inversion	Chr3	30563866	30564013

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	1418022	Chr3	32400347	LOC_Os03g56890
Translocation	Chr5	5022236	Chr2	25341897	LOC_Os02g42134
Translocation	Chr9	13581691	Chr3	12759727	LOC_Os03g22250
Translocation	Chr12	17684705	Chr7	1689662	LOC_Os07g04000

Main menu