Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 50

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13205852	G-A	Homo
SBS	Chr1	26730225	G-A	HET
SBS	Chr1	3476666	C-T	HET
SBS	Chr1	5309858	G-A	HET
SBS	Chr10	16077277	G-A	HET
SBS	Chr10	23000162	A-G	HET
SBS	Chr10	6118707	A-G	HET
SBS	Chr10	9077998	G-A	HET
SBS	Chr11	10255085	T-G	HET
SBS	Chr11	18092397	A-G	HET
SBS	Chr11	18092398	G-A	HET
SBS	Chr11	26143661	T-A	HET
SBS	Chr11	5596974	C-A	HET
SBS	Chr12	18057555	G-A	HET
SBS	Chr2	14230343	G-T	HET
SBS	Chr2	14524171	C-T	HET
SBS	Chr2	20911848	C-T	HET
SBS	Chr2	27968814	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g45890
SBS	Chr3	12653451	G-A	HET
SBS	Chr3	27202613	C-T	HET
SBS	Chr4	13782048	C-G	Homo
SBS	Chr4	16253722	C-T	HET
SBS	Chr4	16508069	G-A	Homo
SBS	Chr4	24630160	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g41520
SBS	Chr4	30750739	G-A	HET
SBS	Chr4	32019333	G-A	HET
SBS	Chr4	32019336	A-T	HET
SBS	Chr4	34669257	C-T	HET
SBS	Chr4	6031081	G-A	HET
SBS	Chr4	8924358	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g16420
SBS	Chr4	9483071	C-T	HET
SBS	Chr5	12830223	T-C	Homo
SBS	Chr5	19037493	G-A	Homo
SBS	Chr5	5678636	T-C	HET
SBS	Chr6	17180025	T-A	Homo
SBS	Chr6	17200694	A-G	Homo
SBS	Chr7	18124638	A-T	HET
SBS	Chr7	19176329	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g32260
SBS	Chr7	3247346	G-A	HET
SBS	Chr8	12771501	C-T	HET
SBS	Chr8	27734603	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g44050
SBS	Chr8	4886605	G-T	HET
SBS	Chr8	9545895	A-G	HET
SBS	Chr8	9549557	T-C	HET
SBS	Chr9	1072587	C-T	HET
SBS	Chr9	14260258	C-T	HET
SBS	Chr9	14588709	A-T	Homo
SBS	Chr9	14588710	G-T	Homo
SBS	Chr9	20842492	T-A	HET
SBS	Chr9	4982811	C-T	HET

Deletions: 23

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	420607	420608	1
Deletion	Chr8	624214	624223	9
Deletion	Chr11	2165128	2165135	7
Deletion	Chr4	3036243	3036247	4
Deletion	Chr4	3074877	3074878	1
Deletion	Chr3	4197232	4197233	1	LOC_Os03g08240
Deletion	Chr12	6685564	6685566	2	LOC_Os12g12180
Deletion	Chr8	7542327	7542330	3
Deletion	Chr1	7882612	7882613	1
Deletion	Chr7	8311061	8311063	2	LOC_Os07g14570
Deletion	Chr5	8943291	8943295	4
Deletion	Chr9	9216618	9216632	14
Deletion	Chr7	10114659	10114674	15
Deletion	Chr11	14937244	14937246	2
Deletion	Chr2	15255224	15255225	1
Deletion	Chr7	15489973	15489974	1	LOC_Os07g26800
Deletion	Chr6	16775155	16775156	1	LOC_Os06g29350
Deletion	Chr11	18092963	18092964	1
Deletion	Chr10	21639761	21639763	2
Deletion	Chr12	24221845	24221846	1
Deletion	Chr5	25411050	25411051	1
Deletion	Chr5	29004529	29004533	4	LOC_Os05g50600
Deletion	Chr4	30106027	30106031	4

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	4240078	4240078	1
Insertion	Chr3	15780243	15780244	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	3634884	3635141	LOC_Os01g07570

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	8228145	Chr5	8546770
Translocation	Chr11	16683666	Chr3	25613097

Main menu