Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1006938	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g02860
SBS	Chr1	11411305	G-A	HET
SBS	Chr1	25246791	T-G	HET
SBS	Chr1	25846249	G-A	HET
SBS	Chr1	39550366	T-A	HET
SBS	Chr1	7571158	C-A	HET
SBS	Chr10	17038734	T-C	HET
SBS	Chr10	20741098	C-T	HET
SBS	Chr10	8536715	G-A	HET
SBS	Chr11	18820322	G-A	HET
SBS	Chr11	24237317	T-A	Homo
SBS	Chr11	3558508	G-A	Homo
SBS	Chr12	2798497	C-T	Homo
SBS	Chr2	17729829	C-T	HET
SBS	Chr2	35200810	T-G	Homo
SBS	Chr2	5662233	C-A	HET
SBS	Chr2	7890470	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g14370
SBS	Chr3	1299933	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g03100
SBS	Chr3	22974961	G-A	HET
SBS	Chr3	24133542	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g43280
SBS	Chr3	8494516	G-A	HET
SBS	Chr3	8605112	C-A	HET
SBS	Chr4	12980758	G-A	HET
SBS	Chr4	22276251	T-C	HET
SBS	Chr4	26821953	A-G	HET
SBS	Chr4	32282677	G-A	HET
SBS	Chr4	4531798	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g08430
SBS	Chr4	5431882	A-G	HET
SBS	Chr4	6465988	G-A	HET
SBS	Chr4	8666904	A-C	HET
SBS	Chr4	9476506	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g17280
SBS	Chr4	989152	G-A	HET
SBS	Chr5	177447	C-T	HET
SBS	Chr6	16123314	T-A	HET
SBS	Chr6	4623862	A-T	HET
SBS	Chr6	5956663	T-C	HET
SBS	Chr6	7952670	C-A	HET
SBS	Chr7	28614819	T-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g47910
SBS	Chr7	28887892	C-T	Homo
SBS	Chr7	5144794	C-T	HET
SBS	Chr7	8211815	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g14390
SBS	Chr8	10662165	A-C	HET
SBS	Chr8	1544448	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g03330
SBS	Chr8	21546508	G-A	HET
SBS	Chr9	14874998	A-T	HET
SBS	Chr9	19837077	C-T	HET
SBS	Chr9	68422	C-T	Homo

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	853160	853168	8
Deletion	Chr1	1914515	1914520	5	LOC_Os01g04300
Deletion	Chr8	5719341	5719344	3
Deletion	Chr8	5802936	5802946	10
Deletion	Chr7	18140009	18140010	1	LOC_Os07g30650
Deletion	Chr2	19294426	19294427	1
Deletion	Chr4	23249642	23249648	6
Deletion	Chr6	31120582	31120587	5

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	26353727	26353728	2
Insertion	Chr12	25851987	25851987	1	LOC_Os12g41730

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	14534925	14548971

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	2861073	Chr1	17634409	2
Translocation	Chr12	17269925	Chr8	6579402	LOC_Os08g11200
Translocation	Chr12	17275970	Chr8	6579394	LOC_Os08g11200
Translocation	Chr7	19570787	Chr6	10581656	LOC_Os07g32750

Main menu