Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3815-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3815-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 93

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17034766	G-A	HET
SBS	Chr1	20297544	T-A	HET
SBS	Chr1	21181309	G-A	HET
SBS	Chr1	24425056	A-T	HET
SBS	Chr1	24860678	C-A	HET
SBS	Chr1	26914163	A-G	Homo
SBS	Chr1	26914168	C-T	Homo
SBS	Chr1	33673121	G-T	HET
SBS	Chr1	3503732	C-T	HET
SBS	Chr1	3503750	A-T	HET
SBS	Chr1	35798502	C-A	HET
SBS	Chr1	37940721	C-A	HET
SBS	Chr1	39192244	G-T	HET
SBS	Chr1	6783260	G-T	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os01g12410
SBS	Chr1	7032897	G-T	HET
SBS	Chr1	9993712	G-A	HET
SBS	Chr10	13874469	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g26610
SBS	Chr10	15175618	G-A	HET
SBS	Chr10	15576278	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g30010
SBS	Chr10	15576279	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g30010
SBS	Chr10	1738415	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g03830
SBS	Chr10	20309959	G-T	HET
SBS	Chr10	3523712	G-C	HET
SBS	Chr10	830542	T-A	HET
SBS	Chr11	11613509	G-T	HET
SBS	Chr11	20071011	G-T	HET
SBS	Chr11	3367899	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g06860
SBS	Chr11	5830298	G-T	HET
SBS	Chr11	9674140	G-A	Homo
SBS	Chr12	14100564	G-T	HET
SBS	Chr12	1515065	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g03740
SBS	Chr12	16312683	A-T	HET
SBS	Chr12	17227008	A-G	HET
SBS	Chr12	17419465	G-T	HET
SBS	Chr12	2459523	G-T	HET
SBS	Chr12	601623	T-A	HET
SBS	Chr12	6526181	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g11950
SBS	Chr2	16123901	A-C	HET
SBS	Chr2	25066375	G-A	HET
SBS	Chr2	25490056	G-A	HET
SBS	Chr2	27867175	C-T	HET
SBS	Chr2	28776982	C-T	HET
SBS	Chr2	29842139	A-T	HET
SBS	Chr2	30051249	C-A	HET
SBS	Chr3	15375096	G-T	HET
SBS	Chr3	16251751	A-T	HET
SBS	Chr3	17261313	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g30250
SBS	Chr3	19776116	A-T	HET
SBS	Chr3	19776117	G-T	HET
SBS	Chr3	20944062	C-A	HET
SBS	Chr3	21100983	G-T	HET
SBS	Chr3	26786767	T-A	HET
SBS	Chr3	8622425	A-T	HET
SBS	Chr3	9897008	A-G	HET
SBS	Chr4	1018068	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g02680
SBS	Chr4	11248828	G-C	HET
SBS	Chr4	11296381	A-G	HET
SBS	Chr4	2375453	A-G	HET
SBS	Chr4	31931227	G-T	HET
SBS	Chr4	5727381	G-C	HET
SBS	Chr5	10609328	T-A	HET
SBS	Chr5	14988302	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g25760
SBS	Chr5	1605692	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g03690
SBS	Chr5	22532982	T-A	HET
SBS	Chr5	28263398	T-A	HET
SBS	Chr5	29592525	C-A	HET
SBS	Chr5	9205643	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g16260
SBS	Chr5	9323130	C-A	HET
SBS	Chr6	10066118	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g17370
SBS	Chr6	23060694	A-G	HET
SBS	Chr6	24077646	C-T	HET
SBS	Chr6	244413	T-A	HET
SBS	Chr6	6947743	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g12720
SBS	Chr6	6954226	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g12740
SBS	Chr6	824207	C-A	HET
SBS	Chr7	13297476	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g23540
SBS	Chr7	13297480	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g23540
SBS	Chr7	13314738	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g23550
SBS	Chr7	13907248	G-A	HET
SBS	Chr7	25561729	C-A	HET
SBS	Chr7	26101881	G-A	HET
SBS	Chr7	26909102	G-A	Homo
SBS	Chr8	12878585	T-A	HET
SBS	Chr8	17835621	G-C	HET
SBS	Chr8	18628528	T-A	HET
SBS	Chr8	20990634	C-A	HET
SBS	Chr8	24500628	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g38750
SBS	Chr8	25303922	A-T	HET
SBS	Chr9	10866806	G-A	HET
SBS	Chr9	11720553	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g19600
SBS	Chr9	17454713	A-T	HET
SBS	Chr9	17727876	G-T	HET
SBS	Chr9	21670529	G-T	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	3029982	3029984	2
Deletion	Chr12	3381555	3381583	28
Deletion	Chr3	6634001	6647000	12999	2
Deletion	Chr4	11247491	11247495	4
Deletion	Chr7	15677116	15677122	6
Deletion	Chr3	17802504	17802506	2	LOC_Os03g31254
Deletion	Chr1	22181176	22181177	1
Deletion	Chr5	22287068	22287069	1
Deletion	Chr1	32133361	32133362	1
Deletion	Chr3	34244772	34244776	4
Deletion	Chr1	40805001	40836000	30999	5

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	2805544	2805544	1
Insertion	Chr12	17878258	17878258	1
Insertion	Chr3	19184302	19184303	2	LOC_Os03g33580

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	5511672	5545127	LOC_Os03g10780
Inversion	Chr3	5511723	5545153	LOC_Os03g10780

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	18984728	Chr2	3226135
Translocation	Chr11	28270432	Chr9	13425257	LOC_Os09g22190
Translocation	Chr4	30670307	Chr1	4858483	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare