Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 35

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12008205	G-A	Homo
SBS	Chr1	27284239	C-G	Homo
SBS	Chr1	28000134	T-A	Homo
SBS	Chr1	39843311	G-T	Homo
SBS	Chr1	41011433	G-C	HET
SBS	Chr1	43235841	C-A	HET
SBS	Chr10	6858139	G-A	Homo
SBS	Chr11	17139376	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g29530
SBS	Chr11	17365937	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g29890
SBS	Chr11	23263441	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g39090
SBS	Chr12	26856863	C-A	HET
SBS	Chr12	27162429	T-A	HET
SBS	Chr2	35395236	C-A	Homo
SBS	Chr3	22032947	G-A	HET
SBS	Chr3	3176140	A-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g06340
SBS	Chr4	18311152	C-T	HET
SBS	Chr4	2330110	G-A	HET
SBS	Chr4	23800004	G-A	HET
SBS	Chr5	19837476	T-A	HET
SBS	Chr5	9830123	G-T	HET
SBS	Chr6	5434705	G-T	HET
SBS	Chr6	9297069	C-T	HET
SBS	Chr7	10049432	T-C	HET
SBS	Chr7	13116172	C-T	HET
SBS	Chr7	17932657	G-T	HET
SBS	Chr7	26284294	G-A	Homo
SBS	Chr7	27268880	G-A	Homo
SBS	Chr7	8758577	A-G	HET
SBS	Chr8	16167555	G-T	HET
SBS	Chr8	19118496	A-G	Homo
SBS	Chr8	5137883	G-A	HET
SBS	Chr8	7985785	C-G	HET
SBS	Chr8	9038290	T-C	HET
SBS	Chr9	13774309	G-A	HET
SBS	Chr9	16605052	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g27310

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	2038263	2038264	1
Deletion	Chr6	7272896	7272900	4
Deletion	Chr4	10686269	10686290	21	LOC_Os04g19240
Deletion	Chr1	13572124	13572126	2
Deletion	Chr4	18440001	18451000	10999	2
Deletion	Chr5	20303295	20303307	12
Deletion	Chr2	21757476	21757478	2
Deletion	Chr6	24286632	24286633	1
Deletion	Chr6	26720152	26720154	2
Deletion	Chr2	27453769	27453773	4

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	212723	212724	2
Insertion	Chr2	22572255	22572256	2
Insertion	Chr4	7780840	7780840	1
Insertion	Chr8	28191559	28191559	1	LOC_Os08g44890

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	9051651	9908437
Inversion	Chr4	9766031	9838531
Inversion	Chr1	41083401	41227253	LOC_Os01g71240

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	5583035	Chr1	41227246	2
Translocation	Chr10	5585892	Chr1	41083395	LOC_Os10g10175
Translocation	Chr12	10365894	Chr4	32549768	LOC_Os04g54730
Translocation	Chr3	35724107	Chr1	23347444

Main menu