Search Nipponbare

Mutant Information

SOS indicates the sequenced line is sterile and seeds from siblings are available.

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20697625	C-A	HET
SBS	Chr1	21914907	G-A	Homo
SBS	Chr1	25106364	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g43800
SBS	Chr1	25106365	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g43800
SBS	Chr1	25106366	C-T	HET
SBS	Chr1	26726506	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g46860
SBS	Chr1	26726507	C-A	HET
SBS	Chr1	33318637	C-G	HET
SBS	Chr1	39092354	C-T	HET
SBS	Chr1	40126833	G-A	HET
SBS	Chr10	12920718	C-T	HET
SBS	Chr10	20322886	G-T	Homo
SBS	Chr10	8840176	G-T	HET
SBS	Chr11	12633554	C-A	HET
SBS	Chr11	18023455	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g30990
SBS	Chr11	28858042	G-A	HET
SBS	Chr11	8024268	T-C	HET
SBS	Chr11	8024271	T-A	HET
SBS	Chr12	13051218	T-C	HET
SBS	Chr12	24932848	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g40279
SBS	Chr12	7208767	G-A	HET
SBS	Chr2	15368965	C-T	HET
SBS	Chr3	19064151	C-T	HET
SBS	Chr3	24807347	G-A	HET
SBS	Chr3	35798150	T-A	HET
SBS	Chr3	35798151	T-A	HET
SBS	Chr4	21870515	A-T	HET
SBS	Chr4	32545057	C-G	Homo
SBS	Chr5	21377421	G-A	HET
SBS	Chr5	25757787	T-C	HET
SBS	Chr5	3482196	G-C	HET
SBS	Chr6	15026145	C-G	HET
SBS	Chr6	8593654	G-A	Homo
SBS	Chr7	27947168	G-T	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os07g46760
SBS	Chr7	3631966	C-T	HET
SBS	Chr7	612841	C-T	HET
SBS	Chr8	17467817	C-T	HET
SBS	Chr8	1817313	G-T	Homo
SBS	Chr8	5087396	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g08770
SBS	Chr9	13288095	T-C	HET
SBS	Chr9	15012138	G-T	HET

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	476779	476786	7	LOC_Os12g01780
Deletion	Chr2	4183565	4183570	5
Deletion	Chr12	4568127	4568128	1
Deletion	Chr7	11986830	11986833	3	LOC_Os07g20720
Deletion	Chr2	23428943	23428944	1
Deletion	Chr3	25613001	25626000	12999	2
Deletion	Chr3	25660616	25660620	4
Deletion	Chr3	25728265	25728271	6
Deletion	Chr6	27888313	27888316	3
Deletion	Chr4	34466899	34466908	9

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	26329162	26329166	5

No Inversion

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	5130601	Chr3	25625728	2
Translocation	Chr12	11927799	Chr7	2102180	LOC_Os07g04730
Translocation	Chr12	12919966	Chr6	21336978
Translocation	Chr12	13338742	Chr7	23613024	LOC_Os07g39420

Main menu