Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13115133	C-T	HET
SBS	Chr1	14547166	A-T	HET
SBS	Chr1	17260619	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g31560
SBS	Chr1	21719426	A-G	HET
SBS	Chr1	25006554	G-A	HET
SBS	Chr1	30431070	C-T	Homo
SBS	Chr1	31429737	G-T	Homo
SBS	Chr10	2076899	G-A	HET
SBS	Chr10	22090787	T-A	HET
SBS	Chr10	22411014	T-A	HET
SBS	Chr11	13750361	G-A	HET
SBS	Chr12	12241736	C-G	HET
SBS	Chr12	1892878	A-C	HET
SBS	Chr12	2810344	A-G	HET
SBS	Chr2	12349337	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g20880
SBS	Chr2	14860996	G-A	HET
SBS	Chr3	12372466	C-T	HET
SBS	Chr3	32776142	C-T	HET
SBS	Chr3	34465542	T-C	HET
SBS	Chr3	674597	G-C	HET
SBS	Chr3	7775615	G-A	HET
SBS	Chr4	18143538	C-T	Homo
SBS	Chr4	21903401	C-G	Homo
SBS	Chr4	30424506	G-A	HET
SBS	Chr5	15370221	C-T	Homo
SBS	Chr5	16722876	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g28540
SBS	Chr5	19583058	C-G	HET
SBS	Chr5	25305144	T-A	HET
SBS	Chr5	6621623	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g11670
SBS	Chr6	14157853	T-G	HET
SBS	Chr6	20832650	T-A	HET
SBS	Chr7	14269828	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g25030
SBS	Chr7	15146628	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g26350
SBS	Chr7	22564213	G-A	HET
SBS	Chr7	7859767	T-C	Homo
SBS	Chr8	18972438	G-A	HET
SBS	Chr8	5499083	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g09500
SBS	Chr9	12708059	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g21080
SBS	Chr9	12880403	C-T	HET
SBS	Chr9	1508220	A-G	HET
SBS	Chr9	6491622	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g11630

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	142596	142597	1
Deletion	Chr12	2544001	2573000	28999	6
Deletion	Chr3	3679483	3679485	2
Deletion	Chr4	5329836	5329843	7
Deletion	Chr1	5982856	5982857	1
Deletion	Chr3	8825413	8825414	1
Deletion	Chr1	11356024	11356027	3	LOC_Os01g19970
Deletion	Chr3	13837001	13859000	21999	3
Deletion	Chr3	13881001	13939000	57999	8
Deletion	Chr2	14090295	14090296	1
Deletion	Chr6	17684893	17685018	125
Deletion	Chr11	26126835	26126838	3
Deletion	Chr2	26401173	26401176	3
Deletion	Chr3	30814749	30814751	2
Deletion	Chr1	41625334	41625351	17	LOC_Os01g71850

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr4	11487916	11487945	30
Insertion	Chr4	21106420	21106421	2

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	6468986	7122056
Inversion	Chr9	6469000	7137167	LOC_Os09g12480
Inversion	Chr9	6869991	7292861
Inversion	Chr9	7137164	7292860	LOC_Os09g12480
Inversion	Chr1	24054501	24110858	2
Inversion	Chr1	24054680	24110866	2

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	14993935	Chr2	24252965	LOC_Os03g26200
Translocation	Chr12	20296982	Chr9	13724617	LOC_Os12g33620
Translocation	Chr12	20297706	Chr9	13724615
Translocation	Chr8	22301720	Chr6	13618918

Main menu