Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 27

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	18658910	A-G	HET
SBS	Chr1	21523301	C-T	HET
SBS	Chr1	22312980	G-A	Homo
SBS	Chr1	39030340	G-A	HET
SBS	Chr1	4334990	A-T	HET
SBS	Chr1	8985568	A-T	HET
SBS	Chr11	18276082	G-A	HET
SBS	Chr11	4049721	C-T	HET
SBS	Chr12	10554130	G-A	HET
SBS	Chr12	12968111	A-C	HET
SBS	Chr12	191889	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g01340
SBS	Chr12	20324892	G-A	HET
SBS	Chr12	26399536	C-T	HET
SBS	Chr2	3344790	C-A	HET
SBS	Chr3	29505186	T-C	HET
SBS	Chr3	30956820	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g53990
SBS	Chr4	2251679	C-T	Homo
SBS	Chr4	32970255	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g55430
SBS	Chr4	843279	G-A	Homo
SBS	Chr5	4355855	C-A	HET
SBS	Chr5	7801730	T-A	Homo
SBS	Chr5	7801731	G-T	Homo
SBS	Chr5	7801732	C-A	Homo
SBS	Chr8	12172832	G-C	HET
SBS	Chr8	12172835	A-T	HET
SBS	Chr8	23017386	G-A	HET
SBS	Chr8	28168937	T-C	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	677001	746000	68999	14
Deletion	Chr10	1745049	1745051	2
Deletion	Chr5	7801941	7801954	13
Deletion	Chr1	11628001	11768000	139999	24
Deletion	Chr1	11770001	11999000	228999	33
Deletion	Chr7	12156938	12156939	1
Deletion	Chr5	15558293	15558299	6
Deletion	Chr11	20438194	20438197	3
Deletion	Chr8	20817001	20851000	33999	5

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	28805726	28805726	1
Insertion	Chr12	21982395	21982395	1

No Inversion

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	687595	Chr7	11905023
Translocation	Chr6	6823153	Chr4	27350777	LOC_Os06g12590
Translocation	Chr12	19376806	Chr1	13934750	LOC_Os01g24764
Translocation	Chr7	22917999	Chr3	17572593	LOC_Os07g38210

Main menu