Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3848-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3848-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 59

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15564551	A-G	Homo
SBS	Chr1	18519552	G-C	Homo
SBS	Chr1	29766504	T-C	HET
SBS	Chr1	37868458	C-A	HET
SBS	Chr10	21192515	T-C	Homo
SBS	Chr10	5886739	G-A	HET
SBS	Chr10	8944914	C-T	HET
SBS	Chr11	10107870	G-T	HET
SBS	Chr11	10484953	G-A	HET
SBS	Chr11	11679980	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g20220
SBS	Chr11	16034828	C-T	HET
SBS	Chr11	3078664	C-A	HET
SBS	Chr12	15661762	G-T	HET
SBS	Chr12	25283695	G-T	HET
SBS	Chr12	26594993	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g42800
SBS	Chr12	7322769	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g13150
SBS	Chr2	10610528	C-T	HET
SBS	Chr2	11651210	T-A	HET
SBS	Chr2	11651211	T-A	HET
SBS	Chr2	11651668	G-A	HET
SBS	Chr2	29333293	A-G	HET
SBS	Chr2	5298881	A-G	HET
SBS	Chr2	8238233	C-T	HET
SBS	Chr3	14158614	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g24860
SBS	Chr3	20297558	G-A	HET
SBS	Chr3	2193882	G-A	HET
SBS	Chr3	2193883	C-T	HET
SBS	Chr3	24262137	G-C	HET
SBS	Chr3	31115325	T-C	Homo
SBS	Chr3	3502562	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g06910
SBS	Chr3	3731680	C-A	HET
SBS	Chr3	7834507	A-T	Homo
SBS	Chr3	7834518	C-T	Homo
SBS	Chr4	14965011	C-A	HET
SBS	Chr4	18102285	A-T	HET
SBS	Chr4	22775389	A-C	HET
SBS	Chr4	29165439	A-G	HET
SBS	Chr4	6572293	G-T	HET
SBS	Chr5	15793231	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g27140
SBS	Chr5	16585374	T-A	HET
SBS	Chr5	17690845	A-G	HET
SBS	Chr5	20542035	T-C	HET
SBS	Chr5	20613220	T-C	HET
SBS	Chr5	29177904	C-T	Homo
SBS	Chr5	3810151	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g07210
SBS	Chr6	12492557	C-T	HET
SBS	Chr6	29717888	G-A	Homo
SBS	Chr6	4760817	G-A	Homo
SBS	Chr6	8609315	C-A	HET
SBS	Chr7	11077848	C-T	HET
SBS	Chr7	1305523	T-C	Homo
SBS	Chr7	14471917	G-A	HET
SBS	Chr7	14471945	C-A	HET
SBS	Chr7	23230419	C-A	Homo
SBS	Chr7	9900503	C-T	HET
SBS	Chr8	13571167	C-A	HET
SBS	Chr8	3127353	C-T	HET
SBS	Chr9	18357726	T-A	HET
SBS	Chr9	9118530	C-G	HET

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	1220827	1220828	1	LOC_Os10g02960
Deletion	Chr11	1712256	1712273	17	LOC_Os11g04200
Deletion	Chr6	3355602	3355604	2
Deletion	Chr12	6641986	6641989	3
Deletion	Chr11	9739365	9739368	3
Deletion	Chr10	11078452	11078465	13	LOC_Os10g21630
Deletion	Chr8	14891117	14891118	1
Deletion	Chr5	17653433	17653436	3
Deletion	Chr11	22931782	22931859	77
Deletion	Chr8	22954439	22954446	7
Deletion	Chr1	23578809	23578846	37
Deletion	Chr8	24781939	24781940	1

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	27181944	27181944	1
Insertion	Chr10	8705505	8705506	2	LOC_Os10g17300
Insertion	Chr11	23637084	23637084	1
Insertion	Chr3	184498	184501	4
Insertion	Chr6	30884956	30884957	2
Insertion	Chr8	13799589	13799589	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	19754889	19808559	2
Inversion	Chr4	31221360	31221628

Translocations: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	2047788	Chr4	4120156	2
Translocation	Chr11	2499158	Chr8	19698850
Translocation	Chr10	3053336	Chr8	11422691
Translocation	Chr8	3816957	Chr3	24544356	LOC_Os08g06830
Translocation	Chr9	4453214	Chr8	19754312
Translocation	Chr10	8060260	Chr5	16540452	2
Translocation	Chr4	12290055	Chr3	34340975	LOC_Os03g60380
Translocation	Chr10	12539429	Chr3	25929700	LOC_Os10g24450
Translocation	Chr10	12540098	Chr3	25913366	LOC_Os10g24450
Translocation	Chr7	29328499	Chr6	13549338	LOC_Os06g23200

Main menu

You are here

Search Nipponbare