Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 53

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10681361	G-T	HET
SBS	Chr1	11640496	C-T	HET
SBS	Chr1	14230124	G-A	HET
SBS	Chr1	20524146	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g36860
SBS	Chr1	39056925	G-C	HET
SBS	Chr1	40259023	A-G	HET
SBS	Chr11	25440076	G-A	HET
SBS	Chr12	12528665	C-T	HET
SBS	Chr12	14686267	C-A	HET
SBS	Chr12	18147746	C-T	HET
SBS	Chr12	25374327	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g41000
SBS	Chr12	2850170	G-A	HET
SBS	Chr2	10887083	C-T	HET
SBS	Chr2	15434564	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g26280
SBS	Chr2	15434576	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g26280
SBS	Chr2	16727582	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g28300
SBS	Chr2	23658612	T-A	HET
SBS	Chr2	26764388	A-T	HET
SBS	Chr3	15536422	G-A	HET
SBS	Chr3	21887990	G-T	HET
SBS	Chr3	22635477	T-C	HET
SBS	Chr3	24083595	G-A	Homo
SBS	Chr3	28099495	T-C	HET
SBS	Chr3	2960511	T-C	HET
SBS	Chr3	32350098	G-A	HET
SBS	Chr3	4636154	T-C	Homo
SBS	Chr3	9468593	C-T	Homo
SBS	Chr4	11267763	T-A	Homo
SBS	Chr4	15467047	A-C	Homo
SBS	Chr4	20972194	A-T	HET
SBS	Chr4	30513726	T-A	HET
SBS	Chr5	19741033	T-A	Homo
SBS	Chr5	19741034	T-C	Homo
SBS	Chr5	23114544	G-A	HET
SBS	Chr5	25603429	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g44010
SBS	Chr5	8203075	C-T	HET
SBS	Chr5	9361477	T-C	HET
SBS	Chr6	21299889	G-C	HET
SBS	Chr6	28932683	G-C	HET
SBS	Chr7	11486890	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g19410
SBS	Chr7	12284648	G-A	HET
SBS	Chr7	14853861	T-G	HET
SBS	Chr7	20350687	T-G	HET
SBS	Chr7	25724	G-A	HET
SBS	Chr7	7575046	C-T	Homo
SBS	Chr7	8615878	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g15030
SBS	Chr8	18376473	T-A	HET
SBS	Chr8	4177191	T-A	Homo
SBS	Chr8	5910350	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g10190
SBS	Chr8	6858201	G-A	HET
SBS	Chr9	21533081	C-T	Homo
SBS	Chr9	5967943	G-A	HET
SBS	Chr9	8944920	C-T	HET

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Deletion	Chr9	120424	120425	1
Deletion	Chr8	6933439	6933448	9
Deletion	Chr7	7049813	7049832	19
Deletion	Chr9	7162641	7162642	1
Deletion	Chr11	9216946	9216947	1
Deletion	Chr3	9335973	9335975	2
Deletion	Chr1	10104223	10104225	2
Deletion	Chr7	12282872	12282874	2
Deletion	Chr4	12583121	12583122	1
Deletion	Chr7	14005413	14005440	27
Deletion	Chr5	17044294	17044295	1
Deletion	Chr5	17048468	17048471	3
Deletion	Chr5	20163934	20163935	1
Deletion	Chr8	20379592	20379593	1
Deletion	Chr3	23478392	23478398	6
Deletion	Chr4	25220925	25220943	18
Deletion	Chr4	25921725	25921726	1
Deletion	Chr6	26690207	26690208	1

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	26228629	26228629	1
Insertion	Chr11	20879985	20879985	1
Insertion	Chr11	2484125	2484127	3	LOC_Os11g05500
Insertion	Chr3	1636478	1636481	4
Insertion	Chr7	21078750	21078755	6

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	33927469	34145383
Inversion	Chr4	33927472	34145389

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	4627084	Chr3	24603216	LOC_Os11g08670
Translocation	Chr6	10284261	Chr2	7858186	LOC_Os02g14320
Translocation	Chr7	11776819	Chr1	17009944
Translocation	Chr11	20280839	Chr2	13966404	2
Translocation	Chr12	23236478	Chr9	10734184	2

Main menu