Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN3851-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3851-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 69

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1024003	T-C	HET
SBS	Chr1	1554791	G-A	HET
SBS	Chr1	34112172	G-A	Homo
SBS	Chr1	39945621	C-T	HET
SBS	Chr2	8932331	G-A	HET
SBS	Chr2	27594507	C-T	HET
SBS	Chr2	30308369	C-A	Homo
SBS	Chr3	3759185	C-A	HET
SBS	Chr3	4577625	G-A	HET
SBS	Chr3	5460639	C-A	HET
SBS	Chr3	7145805	T-A	HET
SBS	Chr3	23981410	A-G	HET
SBS	Chr3	32249801	G-C	Homo
SBS	Chr3	33224948	A-T	HET
SBS	Chr3	34047034	C-T	Homo
SBS	Chr4	8183868	G-C	HET
SBS	Chr4	9466966	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g17260
SBS	Chr4	13692549	C-T	HET
SBS	Chr4	22079078	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g36600
SBS	Chr4	32801955	T-C	HET
SBS	Chr4	35226393	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g59220
SBS	Chr5	4756064	C-T	HET
SBS	Chr5	7675888	C-T	HET
SBS	Chr5	14088735	G-A	Homo
SBS	Chr5	24432818	G-A	HET
SBS	Chr5	24826360	C-T	HET
SBS	Chr6	4353714	A-G	HET
SBS	Chr6	7214681	A-G	Homo
SBS	Chr6	11553499	A-T	HET
SBS	Chr6	24741348	A-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g41330
SBS	Chr6	24891009	T-A	Homo
SBS	Chr6	24891018	G-A	Homo
SBS	Chr6	24891019	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g41510
SBS	Chr6	27179888	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g44940
SBS	Chr7	10917409	T-C	Homo
SBS	Chr7	16924015	A-C	Homo
SBS	Chr7	22935583	C-A	HET
SBS	Chr7	24102170	T-C	HET
SBS	Chr7	28385928	G-C	HET
SBS	Chr7	28531362	G-C	HET
SBS	Chr8	14264651	A-T	HET
SBS	Chr8	17564089	G-A	HET
SBS	Chr8	19029044	T-C	HET
SBS	Chr8	22475860	C-T	HET
SBS	Chr8	23339818	A-G	HET
SBS	Chr8	26309951	G-A	HET
SBS	Chr8	26309953	C-A	HET
SBS	Chr9	6893877	G-A	HET
SBS	Chr9	8358933	T-G	HET
SBS	Chr9	10184006	C-G	HET
SBS	Chr9	11641359	C-T	HET
SBS	Chr9	16141038	G-A	HET
SBS	Chr9	16781779	G-A	HET
SBS	Chr9	16781790	T-A	HET
SBS	Chr10	8639287	G-A	HET
SBS	Chr10	10513723	A-G	HET
SBS	Chr11	482412	A-G	HET
SBS	Chr11	3779519	T-G	Homo
SBS	Chr11	11831256	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g20440
SBS	Chr11	12875586	A-C	HET
SBS	Chr11	13950708	G-C	HET
SBS	Chr11	14318408	C-G	HET
SBS	Chr11	15061182	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g26300
SBS	Chr11	18758519	G-A	HET
SBS	Chr12	2007052	T-C	HET
SBS	Chr12	13730765	A-T	HET
SBS	Chr12	15661800	T-C	HET
SBS	Chr12	21616514	C-A	HET
SBS	Chr12	26775070	T-G	HET

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	100372	100373	1
Deletion	Chr12	2800340	2800379	39
Deletion	Chr11	4683622	4683634	12	LOC_Os11g08840
Deletion	Chr5	9313022	9313025	3
Deletion	Chr9	11923800	11923803	3
Deletion	Chr3	15643911	15643915	4
Deletion	Chr10	17492362	17492368	6
Deletion	Chr8	17947733	17947739	6
Deletion	Chr10	21767436	21767437	1
Deletion	Chr11	24450313	24450319	6
Deletion	Chr4	24713489	24713490	1	LOC_Os04g41690
Deletion	Chr6	27191251	27191253	2	LOC_Os06g44960
Deletion	Chr4	28661231	28661232	1
Deletion	Chr1	40795981	40795985	4	LOC_Os01g70430
Deletion	Chr1	40798280	40798292	12	LOC_Os01g70440
Deletion	Chr1	40949022	40949033	11	LOC_Os01g70740

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr4	26385273	26385274	2
Insertion	Chr6	5667337	5667337	1
Insertion	Chr9	12703076	12703079	4
Insertion	Chr4	26597673	26597673	1
Insertion	Chr11	12601954	12601956	3	LOC_Os11g21960

No Inversion

Translocations: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	1543331	Chr6	20646116	2
Translocation	Chr6	4360215	Chr3	11111764	LOC_Os03g19760
Translocation	Chr6	4360220	Chr3	11112542	LOC_Os03g19760
Translocation	Chr5	5022236	Chr2	25341897	LOC_Os02g42134
Translocation	Chr12	7742402	Chr2	19414035	2
Translocation	Chr6	11268343	Chr3	8727276	2
Translocation	Chr12	12473248	Chr9	5560163
Translocation	Chr8	20427247	Chr3	11117637	2
Translocation	Chr8	20427258	Chr3	11112549	2
Translocation	Chr6	22826962	Chr5	15579987

Main menu

You are here

Search Results