Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 48

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12890245	T-C	Homo
SBS	Chr1	23036150	G-A	HET
SBS	Chr1	33965735	T-C	HET
SBS	Chr1	3508465	G-T	HET
SBS	Chr10	16630819	C-T	HET
SBS	Chr10	2260722	C-A	HET
SBS	Chr10	8631515	G-A	HET
SBS	Chr11	15218675	C-G	HET
SBS	Chr11	24237317	T-A	Homo
SBS	Chr11	26982762	A-G	HET
SBS	Chr11	8615813	C-T	Homo
SBS	Chr12	12552020	C-G	HET
SBS	Chr12	3591411	T-C	HET
SBS	Chr2	1188140	A-G	Homo
SBS	Chr2	12979946	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g21840
SBS	Chr2	13487397	T-C	HET
SBS	Chr2	20562315	A-G	HET
SBS	Chr2	34975675	T-C	HET
SBS	Chr3	11562418	C-A	HET
SBS	Chr3	14413091	C-T	Homo
SBS	Chr3	19740705	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os03g35640
SBS	Chr3	26651716	G-A	HET
SBS	Chr3	27438080	G-A	HET
SBS	Chr3	32192854	G-A	HET
SBS	Chr3	7129959	C-T	Homo
SBS	Chr3	9547794	C-T	Homo
SBS	Chr4	11095608	G-A	HET
SBS	Chr4	1410033	T-A	HET
SBS	Chr4	579328	C-T	HET
SBS	Chr4	98878	T-C	HET
SBS	Chr5	1032944	A-C	Homo
SBS	Chr5	10607250	C-G	Homo
SBS	Chr5	18534623	C-T	Homo
SBS	Chr5	24448941	C-A	Homo
SBS	Chr6	12604418	C-T	HET
SBS	Chr6	14941767	T-C	HET
SBS	Chr6	29458648	T-G	HET
SBS	Chr6	901964	C-T	Homo
SBS	Chr7	11772592	G-A	HET
SBS	Chr7	15091602	A-T	HET
SBS	Chr7	15091603	C-A	HET
SBS	Chr7	4845349	C-A	HET
SBS	Chr7	8379516	T-C	HET
SBS	Chr8	11824685	C-T	HET
SBS	Chr8	1544448	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g03330
SBS	Chr9	1568799	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g03260
SBS	Chr9	16923834	G-A	HET
SBS	Chr9	1846002	G-T	Homo

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	1869240	1869243	3
Deletion	Chr10	5027001	5067000	39999	11
Deletion	Chr10	5136001	5209000	72999	9
Deletion	Chr8	17995126	17995140	14
Deletion	Chr7	19026030	19026032	2
Deletion	Chr4	20973001	21109000	135999	14
Deletion	Chr12	21542516	21542518	2
Deletion	Chr10	22972617	22972626	9
Deletion	Chr7	25327791	25327799	8
Deletion	Chr8	28294344	28294346	2
Deletion	Chr4	28341403	28341404	1
Deletion	Chr2	33439330	33439335	5

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	22813662	22813662	1
Insertion	Chr2	34287786	34287789	4
Insertion	Chr3	7965487	7965488	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	20402349	21357565	LOC_Os04g33690
Inversion	Chr4	20991069	21107161

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	327627	Chr4	11184837
Translocation	Chr12	5779287	Chr8	19753812
Translocation	Chr4	21357545	Chr3	17028652	LOC_Os03g29880
Translocation	Chr3	29194570	Chr1	31269208

Main menu