Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 48

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11314782	C-T	HET
SBS	Chr1	18333179	G-T	HET
SBS	Chr1	19778888	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g35720
SBS	Chr1	29848680	C-T	HET
SBS	Chr10	10160858	C-T	Homo
SBS	Chr10	12261156	G-T	Homo
SBS	Chr10	21852885	A-G	HET
SBS	Chr12	19760487	T-C	HET
SBS	Chr12	21997777	T-C	HET
SBS	Chr12	26521361	G-A	HET
SBS	Chr12	7742721	C-T	Homo
SBS	Chr2	3336863	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g06630
SBS	Chr2	8562485	T-G	HET
SBS	Chr3	2358939	T-G	HET
SBS	Chr3	7919417	G-A	HET
SBS	Chr4	13812445	C-T	HET
SBS	Chr4	23450822	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g39400
SBS	Chr4	328713	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g01480
SBS	Chr4	3556207	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g06770
SBS	Chr4	7758347	C-T	HET
SBS	Chr5	10490251	G-T	HET
SBS	Chr5	10490252	C-G	HET
SBS	Chr5	14287249	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g24680
SBS	Chr5	18386125	T-G	HET
SBS	Chr5	18422850	G-C	HET
SBS	Chr5	18594677	C-A	HET
SBS	Chr5	20572658	C-A	HET
SBS	Chr5	4473409	C-G	HET
SBS	Chr5	6443533	A-G	HET
SBS	Chr6	10138024	C-A	HET
SBS	Chr6	10138025	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os06g17480
SBS	Chr6	13808253	A-T	HET
SBS	Chr6	13808254	C-T	HET
SBS	Chr6	19796805	G-C	HET	STOP_LOST	LOC_Os06g33990
SBS	Chr6	22222229	T-C	HET
SBS	Chr6	2527498	G-A	Homo
SBS	Chr6	25514594	G-A	HET
SBS	Chr7	11413747	C-A	HET
SBS	Chr7	14443266	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g25290
SBS	Chr7	15867833	A-G	Homo
SBS	Chr7	18729214	T-C	HET
SBS	Chr8	12751493	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g21370
SBS	Chr8	17768960	A-T	HET
SBS	Chr8	20760292	C-T	HET
SBS	Chr8	22895891	C-T	HET
SBS	Chr8	27685812	A-G	Homo
SBS	Chr9	20145943	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g34120
SBS	Chr9	5275783	G-A	Homo

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	2038263	2038264	1
Deletion	Chr4	2797684	2797685	1
Deletion	Chr9	5031212	5031237	25
Deletion	Chr2	10862437	10862440	3	LOC_Os02g18640
Deletion	Chr4	11805866	11805867	1
Deletion	Chr4	12527674	12527675	1
Deletion	Chr9	16675267	16675274	7
Deletion	Chr4	17398568	17398577	9
Deletion	Chr11	19627359	19627360	1
Deletion	Chr5	21095691	21095697	6
Deletion	Chr10	21786478	21786491	13	LOC_Os10g40614
Deletion	Chr9	22148296	22148299	3
Deletion	Chr3	23597198	23597199	1	LOC_Os03g42410
Deletion	Chr8	25721096	25721101	5	LOC_Os08g40630
Deletion	Chr2	26418737	26418749	12

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	3205060	3205062	3
Insertion	Chr2	7638956	7639199	244
Insertion	Chr4	15246189	15246189	1
Insertion	Chr5	18369178	18369179	2
Insertion	Chr7	8733775	8733776	2

No Inversion

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	7917874	Chr3	8412207	LOC_Os03g15370
Translocation	Chr5	9090903	Chr2	15277489	LOC_Os02g26014
Translocation	Chr12	13545259	Chr4	6233521	LOC_Os04g11410
Translocation	Chr7	20170939	Chr6	5157867

Main menu