Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3858-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3858-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 59

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	18184207	A-T	HET
SBS	Chr1	19806448	G-T	HET
SBS	Chr1	2284226	G-A	Homo
SBS	Chr1	34456046	G-C	HET
SBS	Chr1	34784068	C-T	Homo
SBS	Chr1	36848216	T-C	Homo
SBS	Chr1	464454	G-A	HET
SBS	Chr1	5585933	G-A	HET
SBS	Chr10	13776831	T-C	HET
SBS	Chr10	19822752	C-A	HET
SBS	Chr10	20073128	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g37490
SBS	Chr10	4608837	T-C	Homo
SBS	Chr11	10292514	C-A	HET
SBS	Chr11	17129610	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g29520
SBS	Chr11	1810289	G-A	HET
SBS	Chr11	18548986	T-C	HET
SBS	Chr11	26088359	G-T	HET
SBS	Chr11	2858468	G-A	HET
SBS	Chr12	9872254	G-A	Homo
SBS	Chr2	11717785	G-A	HET
SBS	Chr2	19061654	G-T	HET
SBS	Chr2	4632130	G-T	HET
SBS	Chr2	7338455	C-T	HET
SBS	Chr3	21229437	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g38240
SBS	Chr3	28116517	C-T	HET
SBS	Chr3	28169116	C-T	HET
SBS	Chr3	34544864	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g60800
SBS	Chr4	11147939	C-T	HET
SBS	Chr4	21130693	G-A	HET
SBS	Chr4	21534660	C-T	HET
SBS	Chr4	30831994	A-T	HET
SBS	Chr4	35325971	C-A	HET
SBS	Chr4	3961686	A-T	Homo
SBS	Chr4	4375829	A-T	Homo
SBS	Chr4	8545147	C-T	HET
SBS	Chr4	9052267	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g16640
SBS	Chr5	1047964	A-G	HET
SBS	Chr5	12140692	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20710
SBS	Chr5	13595853	C-G	HET
SBS	Chr5	16356302	C-G	HET
SBS	Chr5	1724178	G-T	HET
SBS	Chr5	27386558	A-T	HET
SBS	Chr5	29402946	A-T	Homo
SBS	Chr5	29454636	C-T	Homo
SBS	Chr6	19918405	T-C	HET
SBS	Chr6	5518211	G-A	HET
SBS	Chr6	7650055	C-T	HET
SBS	Chr7	10578403	C-T	HET
SBS	Chr7	12409631	G-A	HET
SBS	Chr7	17704890	G-A	HET
SBS	Chr7	19420700	T-A	HET
SBS	Chr7	27275221	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g45680
SBS	Chr7	9542651	A-G	HET
SBS	Chr7	9834261	G-A	HET
SBS	Chr8	24007976	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g37904
SBS	Chr9	13664657	T-C	HET
SBS	Chr9	14874622	G-A	HET
SBS	Chr9	15903374	C-T	HET
SBS	Chr9	3762542	T-G	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	1815203	1815206	3
Deletion	Chr3	2957119	2957141	22
Deletion	Chr4	4406576	4406579	3
Deletion	Chr11	6449375	6449376	1
Deletion	Chr9	13387559	13387562	3
Deletion	Chr12	25333799	25333816	17
Deletion	Chr5	29161923	29161925	2
Deletion	Chr2	33735469	33735470	1	LOC_Os02g55080
Deletion	Chr3	34104202	34104203	1
Deletion	Chr4	34504049	34504053	4
Deletion	Chr1	38563001	38739000	175999	26

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr4	20378036	20378348	313
Insertion	Chr6	19660768	19660771	4
Insertion	Chr6	29603750	29603750	1
Insertion	Chr7	27956123	27956123	1
Insertion	Chr8	12575994	12575994	1
Insertion	Chr9	13258549	13258549	1

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	8617829	9217240
Inversion	Chr9	9156296	9687166	LOC_Os09g15850
Inversion	Chr9	9156307	9687166	LOC_Os09g15850
Inversion	Chr4	22370573	22708253	LOC_Os04g37619
Inversion	Chr1	38404832	38534961	LOC_Os01g66350
Inversion	Chr1	38404846	38534970	LOC_Os01g66350

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	5979547	Chr6	10020348
Translocation	Chr6	7792043	Chr3	3255331	LOC_Os03g06490
Translocation	Chr6	7793186	Chr3	3255320	LOC_Os03g06490
Translocation	Chr9	11971554	Chr2	24766488
Translocation	Chr10	13367222	Chr1	25286864
Translocation	Chr10	21733985	Chr2	18287300	LOC_Os10g40580
Translocation	Chr8	22651598	Chr7	3872019	LOC_Os08g35910
Translocation	Chr12	22800140	Chr9	4757324	LOC_Os12g37180

Main menu

You are here

Search Nipponbare