Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 35

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17775939	G-A	HET
SBS	Chr1	17933306	T-C	HET
SBS	Chr1	31122628	G-A	HET
SBS	Chr10	18213515	G-C	HET
SBS	Chr10	18400707	A-T	HET
SBS	Chr10	9273137	T-G	Homo
SBS	Chr11	8385242	C-G	HET
SBS	Chr12	16529156	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g28020
SBS	Chr12	16529157	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g28020
SBS	Chr2	10300505	G-A	HET
SBS	Chr2	13004147	C-T	HET
SBS	Chr2	18758776	C-T	HET
SBS	Chr2	19302959	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g32570
SBS	Chr2	26359714	C-T	HET
SBS	Chr2	27336153	C-A	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os02g45070
SBS	Chr2	4855145	T-C	Homo
SBS	Chr3	15012173	G-A	HET
SBS	Chr3	29134245	T-A	HET
SBS	Chr4	22531640	T-A	HET
SBS	Chr4	22531641	T-A	HET
SBS	Chr4	22531642	C-A	HET
SBS	Chr5	27007090	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g46660
SBS	Chr6	14900268	C-T	HET
SBS	Chr6	17857435	C-T	HET
SBS	Chr6	6211777	T-C	Homo
SBS	Chr7	16549786	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g28350
SBS	Chr7	5891166	C-T	HET
SBS	Chr8	20555839	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g33076
SBS	Chr9	10014559	G-T	HET
SBS	Chr9	11534226	T-C	HET
SBS	Chr9	14152487	G-T	HET
SBS	Chr9	14784205	G-A	HET
SBS	Chr9	14784207	T-G	HET
SBS	Chr9	3667117	C-T	HET
SBS	Chr9	3667118	T-A	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	591001	628000	36999	8
Deletion	Chr5	5076626	5076629	3
Deletion	Chr2	5862779	5862785	6
Deletion	Chr1	9339380	9339381	1
Deletion	Chr10	9701001	9735000	33999	7
Deletion	Chr12	16997108	16997117	9
Deletion	Chr9	19946131	19946135	4
Deletion	Chr10	23118782	23118784	2	LOC_Os10g42880
Deletion	Chr1	28825225	28825231	6

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	7670349	7670349	1
Insertion	Chr12	8264472	8264474	3
Insertion	Chr4	29150317	29150324	8
Insertion	Chr4	7914316	7914319	4
Insertion	Chr9	21358812	21358812	1
Insertion	Chr9	4639453	4639462	10

No Inversion

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	5229907	Chr4	629257	LOC_Os07g09830
Translocation	Chr7	5229908	Chr4	628720	LOC_Os07g09830
Translocation	Chr8	13962851	Chr4	18673572
Translocation	Chr8	13962852	Chr4	18673769
Translocation	Chr8	20336257	Chr4	2842043

Main menu