Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 34

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20426904	T-A	HET
SBS	Chr1	25531572	A-T	HET
SBS	Chr1	6088196	G-A	HET
SBS	Chr1	6682466	G-A	HET
SBS	Chr1	8586370	C-T	HET
SBS	Chr11	19066439	A-G	HET
SBS	Chr11	9651093	A-T	Homo
SBS	Chr12	20378820	T-C	HET
SBS	Chr2	13518771	G-A	HET
SBS	Chr2	17122954	G-A	HET
SBS	Chr2	25018184	T-C	HET
SBS	Chr2	43897	T-C	HET
SBS	Chr2	9647817	G-A	HET
SBS	Chr3	2646989	T-A	HET
SBS	Chr3	30177623	A-G	HET
SBS	Chr4	16450245	C-G	HET
SBS	Chr4	17565953	T-C	HET
SBS	Chr4	26939049	A-C	HET
SBS	Chr4	29149216	G-A	HET
SBS	Chr4	33382159	G-A	HET
SBS	Chr5	15192978	G-A	HET
SBS	Chr5	23350781	C-T	HET
SBS	Chr6	16502878	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g28940
SBS	Chr6	17422371	G-A	HET
SBS	Chr6	21648748	G-T	HET
SBS	Chr6	26519640	C-G	Homo
SBS	Chr8	17652966	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g28870
SBS	Chr8	4949863	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g08570
SBS	Chr8	7916324	G-C	HET
SBS	Chr8	9698900	C-A	HET
SBS	Chr9	11491727	T-A	HET
SBS	Chr9	11546756	G-A	HET
SBS	Chr9	14224913	A-T	HET
SBS	Chr9	9307587	G-T	Homo

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	2884188	2884192	4	LOC_Os07g05960
Deletion	Chr1	4560749	4560751	2
Deletion	Chr10	7310900	7310902	2
Deletion	Chr4	15718904	15718905	1
Deletion	Chr4	17171511	17171512	1
Deletion	Chr3	19076734	19076735	1	LOC_Os03g33360
Deletion	Chr4	20602113	20602121	8
Deletion	Chr4	20733957	20733960	3
Deletion	Chr4	21624001	21632000	7999	2
Deletion	Chr8	22844294	22844300	6
Deletion	Chr11	23014105	23014112	7	LOC_Os11g38750
Deletion	Chr3	23731372	23731377	5
Deletion	Chr6	25906001	25967000	60999	10
Deletion	Chr1	29623603	29623606	3
Deletion	Chr1	33415242	33415255	13	LOC_Os01g57770

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	14891284	14891339	56	LOC_Os10g28590
Insertion	Chr10	22314725	22314726	2
Insertion	Chr2	8412118	8412119	2
Insertion	Chr3	9584828	9584832	5
Insertion	Chr7	27316836	27316836	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	11405018	12249913	LOC_Os01g20090
Inversion	Chr6	15491172	15491385

Translocations: 13

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	1497526	Chr1	3859040	LOC_Os01g07980
Translocation	Chr11	1497527	Chr1	3859037	LOC_Os01g07980
Translocation	Chr10	9694951	Chr3	16766814
Translocation	Chr3	11169112	Chr2	34566126
Translocation	Chr8	15325880	Chr4	5327386	LOC_Os08g25220
Translocation	Chr11	22117747	Chr8	2861108	2
Translocation	Chr7	23842097	Chr1	3093796
Translocation	Chr6	26215170	Chr5	28199490
Translocation	Chr6	26215172	Chr5	12158719	LOC_Os05g20720
Translocation	Chr6	26215391	Chr5	12158700	LOC_Os05g20720
Translocation	Chr6	26215411	Chr5	28192183	LOC_Os05g49140
Translocation	Chr11	27844068	Chr6	22524130	2
Translocation	Chr11	28650696	Chr7	17052118	LOC_Os11g47446

Main menu