Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15653843	G-A	HET
SBS	Chr1	30432103	G-A	HET
SBS	Chr1	38998223	T-A	HET
SBS	Chr1	41275707	C-T	HET
SBS	Chr11	13258388	A-G	HET
SBS	Chr11	13974207	T-C	HET
SBS	Chr11	9653148	A-C	HET
SBS	Chr2	11641676	A-G	HET
SBS	Chr2	12304520	T-C	HET
SBS	Chr2	14237597	T-C	HET
SBS	Chr2	185979	T-A	Homo
SBS	Chr2	22502867	G-A	HET
SBS	Chr2	31593262	C-A	Homo
SBS	Chr2	31593263	A-G	Homo
SBS	Chr3	16799341	G-T	HET
SBS	Chr3	17813155	T-C	HET
SBS	Chr3	20656699	G-A	HET
SBS	Chr3	34097500	T-C	HET
SBS	Chr4	10362002	G-A	Homo
SBS	Chr4	13564858	G-A	Homo
SBS	Chr4	33422494	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g56120
SBS	Chr4	33422495	G-A	HET
SBS	Chr4	33422496	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g56120
SBS	Chr4	34337625	A-G	HET
SBS	Chr5	25974997	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g44660
SBS	Chr6	12524160	A-T	Homo
SBS	Chr6	25334967	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g42200
SBS	Chr6	882365	G-A	HET
SBS	Chr7	11960730	T-A	HET
SBS	Chr7	15832576	G-T	HET
SBS	Chr7	17552793	G-A	HET
SBS	Chr7	27218674	T-C	Homo
SBS	Chr7	6898338	T-C	Homo
SBS	Chr8	10750152	T-A	HET
SBS	Chr8	13908491	C-T	HET
SBS	Chr8	21762015	C-A	HET
SBS	Chr8	23022818	T-C	HET
SBS	Chr8	859176	C-T	HET
SBS	Chr9	11642394	G-A	HET
SBS	Chr9	14334530	G-A	HET
SBS	Chr9	16905094	A-T	Homo

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	11245192	11246187	995	LOC_Os08g18840
Deletion	Chr4	12443782	12443786	4
Deletion	Chr9	12710852	12710854	2
Deletion	Chr2	13933550	13933554	4
Deletion	Chr4	15232838	15232847	9
Deletion	Chr2	16124432	16124446	14
Deletion	Chr5	18975555	18975567	12	LOC_Os05g32480
Deletion	Chr12	23547601	23547607	6
Deletion	Chr7	25217303	25217304	1
Deletion	Chr1	41059001	41070000	10999	2

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	21379748	21379757	10
Insertion	Chr2	8678110	8678110	1
Insertion	Chr6	5958988	5958989	2
Insertion	Chr6	6645585	6645586	2

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	14339250	14697367
Inversion	Chr8	14341384	14697374	LOC_Os08g23710
Inversion	Chr7	24384730	24563737	2
Inversion	Chr1	41006936	41058256	LOC_Os01g70930
Inversion	Chr1	41006948	41069668	LOC_Os01g70950

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	19803577	Chr5	17883158	LOC_Os11g33450
Translocation	Chr12	22302786	Chr2	9161576
Translocation	Chr4	22896688	Chr3	26517761	2

Main menu