Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 37

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12364883	G-C	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr1	20177577	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	22597169	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	2844904	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	3733798	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	15429260	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr10	3388220	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	19058277	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	3487904	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	16456429	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g27910
SBS	Chr12	16456430	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g27910
SBS	Chr12	21162305	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	13027569	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g21910
SBS	Chr2	30621811	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	31328247	C-T	HET	SYNONYMOUS_STOP
SBS	Chr2	35869787	G-C	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g58710
SBS	Chr3	18112659	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	26187772	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	15110802	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	25855172	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	2806330	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	295662	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	31708417	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	3829756	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	52352	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g01060
SBS	Chr4	5687399	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr4	602723	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr5	12942152	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	28701834	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	29081311	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	15572578	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11084430	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	13259781	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	12485514	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	12485515	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	3887433	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g06980
SBS	Chr8	5913693	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g10200

Deletions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	972657	972672	15
Deletion	Chr10	3009829	3009835	6
Deletion	Chr9	3743978	3743991	13
Deletion	Chr1	3814793	3814815	22
Deletion	Chr6	13337189	13337198	9
Deletion	Chr6	13409686	13409687	1
Deletion	Chr10	13591883	13591900	17
Deletion	Chr5	13759197	13759198	1
Deletion	Chr3	13769810	13769813	3
Deletion	Chr10	13860609	13860615	6
Deletion	Chr12	16904766	16904768	2
Deletion	Chr6	20641607	20641608	1
Deletion	Chr4	23672349	23672364	15	LOC_Os04g39720
Deletion	Chr7	23832840	23832841	1
Deletion	Chr7	24907243	24907255	12
Deletion	Chr2	26165278	26165279	1
Deletion	Chr3	26577512	26577528	16	LOC_Os03g47010
Deletion	Chr6	28588207	28588216	9	LOC_Os06g47150
Deletion	Chr1	40731147	40731156	9

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	4807434	4807435	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	30359938	30455653
Inversion	Chr4	31711142	31759736

No Translocation

Main menu