Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 38

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	25247238	A-T	HET
SBS	Chr1	3393632	G-A	Homo
SBS	Chr1	5096109	G-T	HET
SBS	Chr1	741124	T-C	Homo
SBS	Chr10	12239955	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g23870
SBS	Chr11	25225294	T-C	HET
SBS	Chr11	6467732	C-A	Homo
SBS	Chr12	18947217	G-C	Homo
SBS	Chr12	8249673	A-G	HET
SBS	Chr12	9022023	G-C	HET
SBS	Chr2	12324036	A-T	HET
SBS	Chr2	14789344	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g25370
SBS	Chr2	33687698	T-C	Homo
SBS	Chr2	3590682	C-A	Homo
SBS	Chr3	30019198	G-A	HET
SBS	Chr3	33178336	G-A	HET
SBS	Chr5	12027008	C-T	HET
SBS	Chr5	26513732	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g45779
SBS	Chr5	28375227	C-T	Homo
SBS	Chr6	14451392	C-G	HET
SBS	Chr6	15891035	G-A	HET
SBS	Chr6	20688497	G-A	Homo
SBS	Chr6	23682410	G-A	HET
SBS	Chr6	30436203	G-A	Homo
SBS	Chr7	11805534	C-T	HET
SBS	Chr7	17216438	G-A	HET
SBS	Chr7	20783800	G-A	Homo
SBS	Chr7	21236834	T-A	HET
SBS	Chr7	25389531	C-T	HET
SBS	Chr7	5509325	A-G	HET
SBS	Chr7	6538732	G-A	HET
SBS	Chr7	7828659	G-A	HET
SBS	Chr8	13777220	G-A	HET
SBS	Chr8	15926723	A-G	HET
SBS	Chr8	6684562	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g11370
SBS	Chr8	6769260	G-A	HET
SBS	Chr9	6692597	C-T	HET
SBS	Chr9	7030864	G-A	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	4859938	4859950	12	LOC_Os09g09090
Deletion	Chr5	5151672	5151673	1
Deletion	Chr8	5910928	5910938	10	LOC_Os08g10190
Deletion	Chr11	8457415	8457427	12
Deletion	Chr11	14332779	14332783	4
Deletion	Chr9	14601129	14601132	3
Deletion	Chr5	19170001	19201000	30999	4
Deletion	Chr5	19262506	19262526	20	LOC_Os05g32890
Deletion	Chr5	19377664	19377675	11
Deletion	Chr2	20697209	20697211	2
Deletion	Chr2	25105491	25105492	1	LOC_Os02g41760
Deletion	Chr4	25123431	25123437	6	LOC_Os04g42460
Deletion	Chr2	27054498	27054500	2
Deletion	Chr4	31271381	31271385	4

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr7	10122396	10122396	1
Insertion	Chr8	12465023	12465024	2

No Inversion

Translocations: 13

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	435681	Chr11	392886	2
Translocation	Chr12	443006	Chr6	2327328	LOC_Os12g01740
Translocation	Chr8	6303539	Chr1	25605089
Translocation	Chr8	9803838	Chr6	9802277
Translocation	Chr12	9917834	Chr4	6963416	LOC_Os12g17320
Translocation	Chr8	10395362	Chr1	31269249
Translocation	Chr8	11689193	Chr2	13608492
Translocation	Chr10	14707788	Chr6	13907840	2
Translocation	Chr12	20295172	Chr11	29015238	LOC_Os12g33610
Translocation	Chr12	23773934	Chr1	13722444
Translocation	Chr5	24434022	Chr1	13912588
Translocation	Chr5	24434037	Chr1	13912493
Translocation	Chr8	25143133	Chr4	3640794

Main menu