Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 30

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13016841	G-C	HET
SBS	Chr1	23714806	C-A	HET
SBS	Chr1	4696346	T-A	Homo
SBS	Chr10	10600041	G-T	HET
SBS	Chr10	17898751	G-C	HET
SBS	Chr10	18001671	C-T	HET
SBS	Chr10	18002198	G-C	HET
SBS	Chr10	192464	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g01300
SBS	Chr10	6790231	G-A	Homo
SBS	Chr11	16901125	C-A	Homo
SBS	Chr12	11958288	A-T	HET
SBS	Chr12	1898014	C-T	Homo
SBS	Chr12	8202174	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g14374
SBS	Chr12	8202175	G-A	HET
SBS	Chr12	9822946	C-T	HET
SBS	Chr2	11243484	G-A	HET
SBS	Chr2	9201860	T-C	HET
SBS	Chr4	17370383	T-C	HET
SBS	Chr4	24056773	T-G	HET
SBS	Chr4	6365774	G-C	HET
SBS	Chr5	10231968	C-T	HET
SBS	Chr5	12178208	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20750
SBS	Chr5	19379737	G-A	HET
SBS	Chr5	20018764	C-T	HET
SBS	Chr5	2052959	T-G	HET
SBS	Chr7	14457573	T-A	Homo
SBS	Chr7	16549786	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g28350
SBS	Chr7	16676160	C-G	HET
SBS	Chr7	8197355	G-T	Homo
SBS	Chr8	22166747	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g35170

Deletions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	114900	114902	2	LOC_Os09g01100
Deletion	Chr9	4337283	4337295	12
Deletion	Chr5	20839914	20839915	1	LOC_Os05g35100

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	19526477	19526477	1
Insertion	Chr3	16078768	16078769	2
Insertion	Chr3	653529	653530	2
Insertion	Chr4	9331355	9331355	1
Insertion	Chr7	27597763	27597763	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	5561213	5905881
Inversion	Chr2	5561214	5905886

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	6555116	Chr3	19126587
Translocation	Chr7	8154992	Chr2	14038784
Translocation	Chr9	15007535	Chr1	12925743
Translocation	Chr3	25354383	Chr1	32550341
Translocation	Chr3	27155842	Chr1	23438266	LOC_Os03g47820

Main menu