Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 34

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13528212	T-G	Homo
SBS	Chr1	16940853	G-A	HET
SBS	Chr10	12771543	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g24830
SBS	Chr10	13171005	T-A	HET
SBS	Chr10	13361412	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g25780
SBS	Chr10	8400196	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g16860
SBS	Chr11	8839704	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g15590
SBS	Chr12	14248030	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g24830
SBS	Chr12	16674832	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g28230
SBS	Chr12	19412064	G-A	HET
SBS	Chr12	7945064	T-C	HET
SBS	Chr12	9605134	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g16750
SBS	Chr2	21167184	C-T	HET
SBS	Chr3	23123639	G-A	Homo
SBS	Chr3	33353427	C-T	HET
SBS	Chr4	15230435	C-G	HET
SBS	Chr4	28832637	A-G	HET
SBS	Chr4	31114987	C-T	HET
SBS	Chr5	19035058	G-A	HET
SBS	Chr5	19575569	T-G	HET
SBS	Chr5	23541874	T-A	HET
SBS	Chr5	9994742	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17410
SBS	Chr6	1263456	T-C	HET
SBS	Chr6	20257432	G-T	HET
SBS	Chr6	25433531	T-C	HET
SBS	Chr6	26119595	G-A	HET
SBS	Chr6	6092620	T-G	Homo
SBS	Chr7	17748081	A-G	Homo
SBS	Chr7	7042647	G-A	HET
SBS	Chr7	795243	G-A	HET
SBS	Chr8	11294652	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g18940
SBS	Chr8	12324413	C-T	Homo
SBS	Chr8	22297841	T-G	HET
SBS	Chr9	22881990	C-T	Homo

Deletions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	4191001	4506000	314999	53
Deletion	Chr10	4591213	4591214	1
Deletion	Chr5	6277738	6277746	8
Deletion	Chr12	7945048	7945053	5
Deletion	Chr6	20514669	20514680	11
Deletion	Chr9	21916978	21916979	1
Deletion	Chr1	34913948	34913969	21

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr4	8143986	8144052	67
Insertion	Chr4	8684439	8684439	1

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	2394147	3112579	2
Inversion	Chr4	2394162	3112577	2
Inversion	Chr12	3487827	4192055	2
Inversion	Chr3	10629270	10833977
Inversion	Chr3	10629272	10833984

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	9555449	Chr2	8032157	LOC_Os08g15770
Translocation	Chr11	12292529	Chr4	13816950	LOC_Os04g24160
Translocation	Chr11	12292533	Chr4	13802664	LOC_Os04g24140
Translocation	Chr8	16707233	Chr3	18172603	LOC_Os08g27360
Translocation	Chr12	20220322	Chr4	271747
Translocation	Chr7	24482680	Chr5	2134733
Translocation	Chr11	27851075	Chr1	3225260	2

Main menu