Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 27

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10110747	A-G	HET
SBS	Chr1	21589402	C-T	HET
SBS	Chr10	18748500	A-G	HET
SBS	Chr11	16817630	C-T	Homo
SBS	Chr11	25511288	C-T	HET
SBS	Chr12	2009985	G-A	HET
SBS	Chr12	8215557	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g14410
SBS	Chr3	18733557	G-T	Homo
SBS	Chr3	20977391	A-G	Homo
SBS	Chr5	16554827	G-T	HET
SBS	Chr5	21813334	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g37280
SBS	Chr5	3768674	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g07130
SBS	Chr6	11585359	G-A	HET
SBS	Chr6	19855806	T-C	HET
SBS	Chr6	19945342	G-T	HET
SBS	Chr6	28099901	A-G	HET
SBS	Chr6	29616735	T-A	HET
SBS	Chr6	29616736	G-C	HET
SBS	Chr7	14168948	C-T	HET
SBS	Chr8	17242088	C-T	HET
SBS	Chr8	22279129	C-A	HET
SBS	Chr8	25815553	G-A	HET
SBS	Chr8	25815556	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g40810
SBS	Chr9	10833030	C-T	HET
SBS	Chr9	18234238	T-G	Homo
SBS	Chr9	5425721	G-A	Homo
SBS	Chr9	7847293	C-T	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	10627602	10627607	5
Deletion	Chr10	13256774	13256789	15
Deletion	Chr2	13636210	13636252	42
Deletion	Chr11	15729062	15729066	4
Deletion	Chr5	18004661	18004662	1	LOC_Os05g30990
Deletion	Chr3	18325941	18325944	3
Deletion	Chr7	26371886	26371890	4
Deletion	Chr6	30053906	30053908	2
Deletion	Chr2	32546922	32546928	6

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr4	14444198	14444198	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	151554	511447
Inversion	Chr10	151586	511479

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	15238097	Chr2	3401780
Translocation	Chr9	18095053	Chr4	34904195	LOC_Os04g58700
Translocation	Chr8	19480857	Chr4	14568595
Translocation	Chr11	27843957	Chr6	22526007	2

Main menu