Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14321212	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	34972919	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr1	8936411	A-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr10	1938665	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g04170
SBS	Chr10	2550	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	3424543	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr11	19817463	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	27679693	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	8041730	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g14330
SBS	Chr12	20826461	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	648899	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	27088884	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	33676205	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	9394913	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	11142640	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	1629933	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	20828360	C-T	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	35207136	A-G	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr5	16805721	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	16805722	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	29525553	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g51490
SBS	Chr5	986215	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	12883464	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	12905511	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	1968827	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr6	27006873	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	4585575	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr6	7865703	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g14100
SBS	Chr7	28213714	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g47194
SBS	Chr7	29126800	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	7853027	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g13680
SBS	Chr8	17683255	G-C	HET	INTRON
SBS	Chr8	26360077	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	10082931	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	12847017	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15411625	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr9	16451659	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	21942907	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	7480231	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr9	9597736	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	9617490	G-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 22

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	3390765	3390770	5	LOC_Os08g06140
Deletion	Chr11	4772535	4772539	4
Deletion	Chr6	7735750	7735766	16
Deletion	Chr12	8727326	8727334	8
Deletion	Chr1	9430693	9430694	1	LOC_Os01g16610
Deletion	Chr3	9958895	9958898	3
Deletion	Chr5	10424439	10424459	20
Deletion	Chr9	11872607	11872962	355	LOC_Os09g19830
Deletion	Chr9	12518878	12518900	22
Deletion	Chr11	13136127	13136130	3
Deletion	Chr9	13221779	13221783	4
Deletion	Chr5	15830941	15830944	3	LOC_Os05g27230
Deletion	Chr5	16590824	16590827	3
Deletion	Chr8	17345643	17345667	24
Deletion	Chr10	18145001	18276000	131000	20
Deletion	Chr11	18230984	18230985	1
Deletion	Chr1	20304720	20304729	9
Deletion	Chr3	21703729	21703740	11
Deletion	Chr1	25162004	25162007	3
Deletion	Chr5	27919624	27919625	1
Deletion	Chr3	28002556	28002560	4
Deletion	Chr6	29563720	29563721	1

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	2363633	2363633	1
Insertion	Chr12	10860859	10860859	1
Insertion	Chr2	945376	945377	2
Insertion	Chr3	26473136	26473136	1	LOC_Os03g46800
Insertion	Chr5	5300443	5300443	1
Insertion	Chr7	25253563	25253563	1
Insertion	Chr8	26815767	26815768	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	14223660	16178003	LOC_Os05g24620

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	11872651	Chr5	25341981	LOC_Os09g19830
Translocation	Chr9	11872953	Chr5	25341977	LOC_Os09g19830
Translocation	Chr10	18276674	Chr9	19828941	LOC_Os09g33600
Translocation	Chr10	18276683	Chr4	16840329
Translocation	Chr10	18280408	Chr4	16840294
Translocation	Chr11	25284672	Chr9	17479450	LOC_Os09g28770
Translocation	Chr11	25284677	Chr9	17495564
Translocation	Chr12	27344056	Chr11	28939319	2

Main menu