Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 27

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	27701157	T-G	Homo
SBS	Chr10	11997596	A-G	Homo
SBS	Chr10	21816941	G-A	Homo
SBS	Chr10	3602255	A-C	Homo
SBS	Chr11	21465206	A-T	HET
SBS	Chr12	12528990	C-T	HET
SBS	Chr2	23699389	G-A	HET
SBS	Chr2	5755466	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g10850
SBS	Chr3	19118237	C-T	HET
SBS	Chr3	19995844	C-T	HET
SBS	Chr4	20244997	T-A	HET
SBS	Chr4	29737585	T-C	HET
SBS	Chr4	34939754	C-A	HET
SBS	Chr4	35241871	G-A	HET
SBS	Chr5	10402715	C-T	HET
SBS	Chr5	10402716	T-C	HET
SBS	Chr5	27227725	T-A	HET
SBS	Chr5	9277545	C-A	HET
SBS	Chr6	21694985	A-G	Homo
SBS	Chr6	22665844	G-A	Homo
SBS	Chr7	14794317	C-G	Homo
SBS	Chr7	15821976	G-A	Homo
SBS	Chr7	25482845	C-T	HET
SBS	Chr8	16267093	C-T	Homo
SBS	Chr9	5493789	T-C	HET
SBS	Chr9	7759886	C-T	HET
SBS	Chr9	9965129	G-A	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	225365	225371	6
Deletion	Chr7	728050	728054	4
Deletion	Chr1	1142488	1142491	3
Deletion	Chr6	1441001	1468000	26999	5
Deletion	Chr4	6106992	6106997	5
Deletion	Chr12	6546188	6546189	1
Deletion	Chr10	7215155	7215160	5
Deletion	Chr8	14977065	14977069	4	LOC_Os08g24750
Deletion	Chr3	16787552	16787559	7	LOC_Os03g29460

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr8	17058505	17058508	4
Insertion	Chr9	2172054	2172054	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	14638686	15184546
Inversion	Chr5	17768435	17773101
Inversion	Chr5	17768448	17773190
Inversion	Chr11	28956203	28956316	LOC_Os11g48020

No Translocation

Main menu