Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 32

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	7024058	G-A	HET
SBS	Chr10	22606076	C-T	HET
SBS	Chr11	13790174	C-T	HET
SBS	Chr11	3858384	T-C	Homo
SBS	Chr11	6651378	T-A	Homo
SBS	Chr12	2641092	G-A	HET
SBS	Chr2	10995666	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g18840
SBS	Chr2	11385050	C-T	Homo
SBS	Chr2	22835448	T-G	HET
SBS	Chr3	1838424	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g04030
SBS	Chr4	15325223	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g26290
SBS	Chr4	15937011	A-C	Homo
SBS	Chr4	17000884	T-A	Homo
SBS	Chr4	17301911	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g29190
SBS	Chr4	17301912	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g29190
SBS	Chr4	19045630	C-T	Homo
SBS	Chr4	2187003	A-T	HET
SBS	Chr4	9734243	C-T	HET
SBS	Chr5	13385552	T-A	Homo
SBS	Chr5	20369899	T-A	Homo
SBS	Chr5	26204139	T-A	Homo
SBS	Chr6	1424264	G-A	HET
SBS	Chr6	20432795	G-A	HET
SBS	Chr6	21486739	T-C	HET
SBS	Chr6	25778143	G-A	Homo
SBS	Chr7	18745419	G-T	HET
SBS	Chr7	2029381	G-T	HET
SBS	Chr7	23742001	G-A	Homo
SBS	Chr8	13343504	G-T	HET
SBS	Chr8	15536354	A-G	HET
SBS	Chr8	22243683	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g35250
SBS	Chr9	9534294	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g15620

Deletions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	1793042	1793055	13
Deletion	Chr3	3775001	3791000	15999	3
Deletion	Chr4	9082758	9082763	5
Deletion	Chr6	15138344	15138345	1	LOC_Os06g25890
Deletion	Chr1	38455450	38455451	1

No Insertion

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	9534713	9718763
Inversion	Chr4	12472053	12971040	LOC_Os04g22020

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	9721199	Chr2	14804715	2
Translocation	Chr8	14143794	Chr4	12472052	2
Translocation	Chr9	16923207	Chr4	13705017	LOC_Os09g27810

Main menu