Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11162423	G-T	HET
SBS	Chr1	15180475	G-A	HET
SBS	Chr1	22998809	C-T	HET
SBS	Chr1	27571943	T-C	HET	STOP_LOST	LOC_Os01g48150
SBS	Chr10	19027668	G-A	Homo
SBS	Chr11	16099563	A-G	HET
SBS	Chr11	7660831	T-A	HET
SBS	Chr12	17876869	C-T	HET
SBS	Chr2	15067627	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g25730
SBS	Chr2	29740569	A-T	HET
SBS	Chr2	9691075	C-T	HET
SBS	Chr3	17179692	T-C	HET
SBS	Chr3	17362390	G-A	HET
SBS	Chr3	28308601	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g49730
SBS	Chr3	3059637	C-T	HET
SBS	Chr3	5384581	C-G	Homo
SBS	Chr3	714588	G-A	HET
SBS	Chr4	13758794	G-A	HET
SBS	Chr4	24513198	G-A	HET
SBS	Chr4	29720041	T-C	HET
SBS	Chr4	3425831	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g06500
SBS	Chr4	4019236	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g07550
SBS	Chr4	5414992	C-T	HET
SBS	Chr5	10938857	G-A	HET
SBS	Chr5	11400816	C-T	HET
SBS	Chr5	22518973	A-G	HET
SBS	Chr5	23962750	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g40860
SBS	Chr5	24222830	G-A	HET
SBS	Chr5	24222831	G-A	HET
SBS	Chr5	26817220	C-T	HET
SBS	Chr5	6619094	G-T	HET
SBS	Chr5	9327368	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g16430
SBS	Chr5	9655784	G-T	HET
SBS	Chr7	16549376	C-A	HET
SBS	Chr7	29441254	C-T	HET
SBS	Chr7	7848212	A-T	HET
SBS	Chr7	9276831	T-A	HET
SBS	Chr8	19629271	G-T	Homo
SBS	Chr8	2316747	C-T	Homo
SBS	Chr9	21841647	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g37880
SBS	Chr9	3569918	C-T	HET

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	10178376	10178503	127
Deletion	Chr12	10239205	10239217	12
Deletion	Chr2	10777837	10777844	7	LOC_Os02g18510
Deletion	Chr4	12284729	12284734	5
Deletion	Chr4	12527674	12527675	1
Deletion	Chr6	15482739	15482894	155
Deletion	Chr10	22366061	22366062	1
Deletion	Chr8	22929754	22929760	6
Deletion	Chr3	24311251	24311259	8
Deletion	Chr11	25167001	25200000	32999	7
Deletion	Chr2	30033001	30122000	88999	19
Deletion	Chr2	30131001	30233000	101999	19

Insertions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	12299251	12299848	598
Insertion	Chr11	15270196	15270197	2
Insertion	Chr12	19353564	19353565	2
Insertion	Chr2	2106504	2106505	2
Insertion	Chr3	24130566	24130569	4
Insertion	Chr3	29052437	29052438	2
Insertion	Chr6	20931301	20931302	2
Insertion	Chr6	26597810	26597811	2
Insertion	Chr8	13269861	13269866	6
Insertion	Chr8	5192175	5192178	4

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	30031196	30252413

Translocations: 13

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	5943521	Chr3	31605477	2
Translocation	Chr10	7047372	Chr1	36582405
Translocation	Chr11	9639721	Chr6	1887453	LOC_Os06g04399
Translocation	Chr10	13367222	Chr1	25286864
Translocation	Chr8	14538891	Chr2	21673903
Translocation	Chr10	16820917	Chr1	41587105
Translocation	Chr7	20170939	Chr6	5157867
Translocation	Chr5	20725381	Chr2	5558396	LOC_Os05g34880
Translocation	Chr12	21960481	Chr10	2759078
Translocation	Chr6	23210906	Chr5	15012932	LOC_Os06g39090
Translocation	Chr12	27001434	Chr2	10461264	LOC_Os12g43520
Translocation	Chr11	27568802	Chr5	16490291
Translocation	Chr11	28639609	Chr8	5549401

Main menu