Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10232914	C-T	HET
SBS	Chr1	1120412	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g02980
SBS	Chr1	22455879	T-G	HET
SBS	Chr1	31260228	G-A	HET
SBS	Chr1	40739880	A-G	HET
SBS	Chr1	42567284	A-T	Homo
SBS	Chr1	7023688	T-A	HET
SBS	Chr10	10209160	C-A	HET
SBS	Chr10	15509875	G-A	HET
SBS	Chr10	21795813	C-T	HET
SBS	Chr10	6250234	A-G	HET
SBS	Chr10	6463889	G-T	HET
SBS	Chr11	23337473	G-A	HET
SBS	Chr11	24774710	G-A	HET
SBS	Chr2	14401362	G-T	Homo
SBS	Chr2	22060112	A-T	HET
SBS	Chr2	22109086	T-C	HET
SBS	Chr2	25404105	A-T	HET
SBS	Chr2	3247305	T-C	HET
SBS	Chr3	13481173	A-T	HET
SBS	Chr3	14239309	A-G	HET
SBS	Chr3	20472741	T-A	HET
SBS	Chr3	5564733	A-G	HET
SBS	Chr3	6339359	A-G	HET
SBS	Chr4	13103088	C-T	Homo
SBS	Chr4	19145035	T-A	HET
SBS	Chr4	27105574	G-A	HET
SBS	Chr4	29021009	C-T	HET
SBS	Chr5	22961740	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g39150
SBS	Chr5	25126617	G-A	HET
SBS	Chr6	10631806	T-C	HET
SBS	Chr6	12637331	C-T	HET
SBS	Chr6	16222566	C-A	HET
SBS	Chr6	9359916	A-G	HET
SBS	Chr6	9703908	G-C	HET
SBS	Chr7	10407445	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g17620
SBS	Chr7	16455513	A-T	HET
SBS	Chr7	21276557	G-C	Homo
SBS	Chr7	8947084	C-G	HET
SBS	Chr9	3563115	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07270

Deletions: 22

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	1033663	1033671	8	LOC_Os09g02490
Deletion	Chr12	1586845	1586848	3
Deletion	Chr4	4152667	4152668	1	LOC_Os04g07780
Deletion	Chr7	7251025	7251026	1	LOC_Os07g12690
Deletion	Chr3	11608318	11608322	4
Deletion	Chr10	12263001	12291000	27999	7
Deletion	Chr6	13052793	13052794	1	LOC_Os06g22450
Deletion	Chr2	14145271	14145272	1
Deletion	Chr7	16539258	16539263	5
Deletion	Chr9	16964383	16964384	1
Deletion	Chr9	16998191	16998218	27
Deletion	Chr2	18325632	18325638	6	LOC_Os02g30750
Deletion	Chr5	21289060	21289061	1	LOC_Os05g35890
Deletion	Chr10	21428125	21428126	1
Deletion	Chr3	23660906	23660908	2
Deletion	Chr7	23788733	23788743	10
Deletion	Chr6	26717798	26717799	1
Deletion	Chr4	26945014	26945020	6	LOC_Os04g45540
Deletion	Chr5	27404995	27404996	1
Deletion	Chr5	29191218	29191232	14
Deletion	Chr6	30428001	30609000	180999	28
Deletion	Chr1	42762174	42762182	8

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	16738581	16738582	2	LOC_Os02g28320
Insertion	Chr4	23681220	23681220	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	7697870	8226195	LOC_Os02g14100
Inversion	Chr2	8188655	8226185
Inversion	Chr12	12176028	12926497	LOC_Os12g21660
Inversion	Chr12	12176033	12926497	LOC_Os12g21660

Translocations: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	50246	Chr2	20634863
Translocation	Chr8	6761170	Chr5	8422521
Translocation	Chr11	8742760	Chr3	27931135	LOC_Os11g15430
Translocation	Chr5	10107247	Chr4	3989013
Translocation	Chr11	15630258	Chr9	3034010
Translocation	Chr11	19231864	Chr2	16625369	2
Translocation	Chr11	20974967	Chr6	3815848	2
Translocation	Chr11	22169139	Chr4	27101032	LOC_Os11g37540
Translocation	Chr7	25340100	Chr3	31170064
Translocation	Chr3	31068369	Chr2	17608657

Main menu