Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 50

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12173648	T-A	HET
SBS	Chr1	26305038	T-C	HET
SBS	Chr1	29857391	G-T	HET
SBS	Chr10	11522575	C-T	HET
SBS	Chr10	21845114	C-G	HET
SBS	Chr10	5490603	T-C	Homo
SBS	Chr10	6013413	A-G	HET
SBS	Chr11	20724121	G-A	HET
SBS	Chr11	22416590	T-C	HET
SBS	Chr12	15943162	T-G	HET
SBS	Chr12	19532217	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g32374
SBS	Chr12	20323249	T-A	HET
SBS	Chr12	5246041	C-T	HET
SBS	Chr2	14158159	T-A	HET
SBS	Chr2	21942673	T-A	HET
SBS	Chr2	24002827	G-A	Homo
SBS	Chr2	24896006	A-G	HET
SBS	Chr3	10777089	T-G	HET
SBS	Chr3	11119568	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g19760
SBS	Chr3	19391369	C-G	HET
SBS	Chr3	22525477	A-G	HET
SBS	Chr3	32621306	C-G	HET
SBS	Chr3	5112402	G-A	HET
SBS	Chr3	5112407	A-C	HET
SBS	Chr4	1342612	T-C	HET
SBS	Chr4	25834734	C-T	Homo
SBS	Chr4	26922742	C-A	HET
SBS	Chr4	27286272	A-G	HET
SBS	Chr4	31433841	T-A	HET
SBS	Chr4	34021159	G-A	HET
SBS	Chr4	633733	G-A	HET
SBS	Chr4	9590341	T-C	HET
SBS	Chr5	20076483	T-A	Homo
SBS	Chr5	27269059	T-C	HET
SBS	Chr5	2844544	T-A	HET
SBS	Chr5	8468536	C-T	HET
SBS	Chr6	14510830	C-A	HET
SBS	Chr6	8092543	C-T	HET
SBS	Chr7	15042926	T-G	Homo
SBS	Chr7	19881478	C-T	HET
SBS	Chr7	20485254	C-T	HET
SBS	Chr7	21461588	T-A	Homo
SBS	Chr8	12026280	A-G	HET
SBS	Chr8	17037741	G-A	HET
SBS	Chr8	17037742	G-A	HET
SBS	Chr8	18407473	A-T	HET
SBS	Chr8	2244696	G-A	Homo
SBS	Chr8	26914131	C-T	HET
SBS	Chr9	5606483	A-G	Homo
SBS	Chr9	5617905	G-A	Homo

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	1953728	1953729	1
Deletion	Chr10	3814239	3814260	21
Deletion	Chr6	5823227	5823232	5	LOC_Os06g11110
Deletion	Chr7	6455718	6455724	6
Deletion	Chr2	6916329	6916332	3
Deletion	Chr5	11060414	11060417	3
Deletion	Chr11	13344037	13344038	1
Deletion	Chr8	13959001	13978000	18999	2
Deletion	Chr8	13983001	14006000	22999	3
Deletion	Chr8	14070570	14070574	4	LOC_Os08g23310
Deletion	Chr1	15886001	15918000	31999	4
Deletion	Chr9	18765651	18765659	8
Deletion	Chr6	23008990	23008995	5
Deletion	Chr6	23047610	23047612	2	LOC_Os06g38820
Deletion	Chr4	23754108	23754113	5
Deletion	Chr11	24726720	24726728	8
Deletion	Chr1	31695758	31695761	3

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr5	1026491	1026491	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	19010320	19628942	LOC_Os02g32180
Inversion	Chr2	19089201	19628976
Inversion	Chr2	26837580	27386460

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	8360777	Chr5	10190171
Translocation	Chr8	13978568	Chr6	29742868
Translocation	Chr8	13982929	Chr6	29742861
Translocation	Chr12	18622750	Chr4	505947	LOC_Os04g01790

Main menu