Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 51

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10171590	A-G	HET
SBS	Chr1	19101117	G-A	HET
SBS	Chr1	19128091	A-G	Homo
SBS	Chr1	19521691	A-T	Homo
SBS	Chr1	25164190	C-T	HET
SBS	Chr1	25852829	G-T	HET
SBS	Chr1	32334842	C-G	HET
SBS	Chr1	4134107	A-T	HET
SBS	Chr1	8261170	G-T	HET
SBS	Chr10	10719407	G-T	HET
SBS	Chr10	22999716	G-A	HET
SBS	Chr10	4715431	C-G	HET
SBS	Chr10	9749872	A-G	Homo
SBS	Chr11	10345956	G-A	HET
SBS	Chr11	13508465	C-G	HET
SBS	Chr11	22006677	C-T	HET
SBS	Chr12	15155507	G-A	HET
SBS	Chr12	23973350	C-T	HET
SBS	Chr12	4305002	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g08490
SBS	Chr2	15582487	A-G	HET
SBS	Chr2	20428830	C-T	Homo
SBS	Chr2	20428833	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g34160
SBS	Chr2	20743396	C-T	HET
SBS	Chr2	23800206	C-T	HET
SBS	Chr2	28509686	C-T	Homo
SBS	Chr2	30604179	C-T	HET
SBS	Chr2	7850212	C-T	Homo
SBS	Chr2	7850213	C-T	Homo
SBS	Chr2	859824	C-A	HET
SBS	Chr3	14283783	C-A	HET
SBS	Chr3	28139433	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g49430
SBS	Chr3	4791931	C-T	HET
SBS	Chr3	4791932	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g09190
SBS	Chr3	7262764	A-G	HET
SBS	Chr4	14100814	G-T	HET
SBS	Chr4	16258813	A-T	HET
SBS	Chr4	1747520	G-T	HET
SBS	Chr4	9773559	T-C	HET
SBS	Chr5	23869848	T-A	HET
SBS	Chr5	23869853	C-G	HET
SBS	Chr5	28667427	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g49990
SBS	Chr5	3676955	C-G	HET
SBS	Chr5	8326154	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g14610
SBS	Chr6	21850521	G-A	Homo
SBS	Chr7	11222429	T-G	HET
SBS	Chr7	7835277	C-T	HET
SBS	Chr8	11959850	G-A	HET
SBS	Chr8	2402847	A-T	Homo
SBS	Chr8	7218875	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g12270
SBS	Chr9	12487459	G-A	HET
SBS	Chr9	15778514	T-A	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	103564	103584	20
Deletion	Chr8	2368094	2368097	3
Deletion	Chr11	2443282	2443288	6
Deletion	Chr5	2489133	2489138	5
Deletion	Chr11	5562631	5562635	4
Deletion	Chr11	7919074	7919084	10
Deletion	Chr10	8253274	8253275	1
Deletion	Chr7	11076001	11208000	131999	17
Deletion	Chr10	14980094	14980103	9	LOC_Os10g28700
Deletion	Chr1	16956379	16956387	8	LOC_Os01g31000
Deletion	Chr3	17308988	17308989	1
Deletion	Chr2	22724622	22724626	4
Deletion	Chr7	23423987	23424013	26
Deletion	Chr7	27982494	27982502	8	LOC_Os07g46810
Deletion	Chr2	34928383	34928384	1	LOC_Os02g57030

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	27590026	27590031	6
Insertion	Chr3	19759632	19759632	1
Insertion	Chr5	10289552	10289552	1
Insertion	Chr5	21999902	21999903	2
Insertion	Chr5	28323438	28323441	4
Insertion	Chr6	19800702	19800703	2
Insertion	Chr9	3141605	3141607	3

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	11840243	12246595	LOC_Os08g20390
Inversion	Chr8	11911654	12246592	2

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	8964219	Chr2	24244989
Translocation	Chr11	10799195	Chr4	6837852	LOC_Os04g12390
Translocation	Chr8	11883385	Chr2	8827239
Translocation	Chr8	11911664	Chr2	8825931	LOC_Os08g19890
Translocation	Chr11	26285177	Chr2	10494457	2

Main menu