Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN4234-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4234-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 61

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15219485	G-A	HET
SBS	Chr1	22762439	G-C	HET
SBS	Chr1	24582620	T-A	HET
SBS	Chr1	24734267	C-T	HET
SBS	Chr1	27795284	C-T	Homo
SBS	Chr1	32646318	T-A	Homo
SBS	Chr1	32772105	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g56790
SBS	Chr1	7346312	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g13180
SBS	Chr1	9234106	C-T	HET
SBS	Chr10	2940067	A-G	Homo
SBS	Chr10	5384461	G-A	HET
SBS	Chr11	16054912	G-A	HET
SBS	Chr11	18086187	A-G	HET
SBS	Chr11	21060465	T-A	HET
SBS	Chr11	25892805	A-G	Homo
SBS	Chr11	26645837	G-A	Homo
SBS	Chr11	5341922	G-A	Homo
SBS	Chr12	12504911	T-A	HET
SBS	Chr12	14638366	G-A	HET
SBS	Chr12	26404868	T-C	HET
SBS	Chr12	5650994	G-A	HET
SBS	Chr12	8181674	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g14360
SBS	Chr2	10533999	G-A	HET
SBS	Chr2	15056048	C-T	HET
SBS	Chr2	17266880	C-T	HET
SBS	Chr2	1889435	A-G	HET
SBS	Chr2	24891965	G-A	HET
SBS	Chr2	30539923	A-G	HET
SBS	Chr2	33182473	G-C	HET
SBS	Chr2	35921719	G-C	HET
SBS	Chr3	15174038	C-T	Homo
SBS	Chr3	2776482	A-T	HET
SBS	Chr3	31778911	A-C	Homo
SBS	Chr3	31994016	G-T	HET
SBS	Chr3	3753631	A-G	HET
SBS	Chr3	9529766	T-C	HET
SBS	Chr4	10815079	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g19410
SBS	Chr4	11368023	T-A	HET
SBS	Chr4	12418383	A-C	HET
SBS	Chr4	19711691	T-C	HET
SBS	Chr4	19841436	G-A	HET
SBS	Chr4	34433053	G-A	HET
SBS	Chr5	21438407	C-G	HET
SBS	Chr5	29418044	G-A	HET
SBS	Chr5	8405741	C-T	HET
SBS	Chr6	14658488	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g25050
SBS	Chr6	16121662	G-A	HET
SBS	Chr6	16685113	G-A	HET
SBS	Chr6	4912842	G-T	HET
SBS	Chr7	18998620	C-T	Homo
SBS	Chr7	25312166	A-T	Homo
SBS	Chr7	313913	C-G	HET
SBS	Chr8	12851362	G-A	HET
SBS	Chr8	16960354	T-C	HET
SBS	Chr8	22537506	A-T	HET
SBS	Chr8	23136925	G-A	HET
SBS	Chr8	23796922	T-C	HET
SBS	Chr8	4295588	G-C	HET
SBS	Chr9	14780712	G-A	HET
SBS	Chr9	1708093	C-T	Homo
SBS	Chr9	3417586	G-A	HET

Deletions: 20

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	855933	855935	2
Deletion	Chr5	1691821	1691823	2
Deletion	Chr1	1797537	1797555	18
Deletion	Chr7	3554709	3554726	17
Deletion	Chr10	5482208	5482209	1
Deletion	Chr2	9119265	9119295	30
Deletion	Chr11	12792500	12792517	17	LOC_Os11g22310
Deletion	Chr10	19520467	19520480	13
Deletion	Chr7	20099001	20231000	131999	15
Deletion	Chr11	21916012	21916018	6
Deletion	Chr12	22040816	22040833	17
Deletion	Chr11	22901036	22901042	6	LOC_Os11g38630
Deletion	Chr11	23192682	23192683	1
Deletion	Chr3	23504897	23504903	6
Deletion	Chr3	25036357	25036361	4
Deletion	Chr1	26222812	26222814	2	LOC_Os01g46120
Deletion	Chr1	26501474	26501476	2
Deletion	Chr11	26759330	26759332	2
Deletion	Chr7	26828542	26828543	1
Deletion	Chr1	42131001	42420000	288999	47

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr2	7458562	7458580	19
Insertion	Chr4	28350242	28350243	2
Insertion	Chr4	9530143	9530143	1
Insertion	Chr5	28997540	28997541	2
Insertion	Chr5	5457025	5457025	1
Insertion	Chr7	7930974	7930977	4
Insertion	Chr9	2826734	2826734	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	8179729	8180140
Inversion	Chr1	20497701	21428922	2
Inversion	Chr1	20497706	21428960	2

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	229431	Chr11	204190	LOC_Os12g01370
Translocation	Chr10	5457160	Chr2	14657860
Translocation	Chr3	8825037	Chr2	17955708	LOC_Os02g30200
Translocation	Chr9	14951257	Chr1	37409863
Translocation	Chr12	18630149	Chr7	6891519
Translocation	Chr7	20101660	Chr1	22096382
Translocation	Chr7	20230651	Chr1	22096367
Translocation	Chr11	25027911	Chr8	27374348

Main menu

You are here

Search Nipponbare